Taksonomi, (Grekçe ταξινομία < τάξις taksis, «düzenleme», ve νομία nomia, «yöntem») biyoloji'de sınıflandırma bilimi. canlıların sınıflandırılması ve bu sınıflandırmada kullanılan kural ve prensipler. Taksonomi terimi Grekçe "taksis" (düzenleme) ve "nomos" (yasa) sözcüklerinden türetilmiştir.
Deney tekniklerinin artması ve gelişmesiyle sistematik ve sınıflandırmadaki çalışmalar da arttı. Evrim teorisiyle birlikte "biyolojik tür" kavramı, "kemotaksonomi", "immunotaksonomi" ve "sayısal taksonomi" gibi taksonominin alt kolları oluşmuştur.