Cihangir Şahın saltanatının son yılları, huzursuzluk içerisinde geçti. Eşi Nurcihan ve veziri Mehabet Hanın sık sık devlet işlerine karışmaları sıhhatini bozdu. Tabiplerin isteği üzerine iklimi daha müsait olan Lahor’a giderken, yolda 28 Ekim 1627 günü vefat etti. Cesedi Ravi Nehri kıyısındaki, Şah Dara denilen yerde toprağa verildi. Daha sonra mezarının üstüne büyük bir türbe yapıldı.
Âdil bir hükümdar olan Cihangir, alimleri sever, onlara izzet ve ikramda bulunurdu. Babasının Müslümanlara karşı uyguladığı ağır baskıyı kaldırdı. Ancak Şiilerin ve hasetçilerin iftiralarına aldanarak, devrinin büyük alimi İmam-ı Rabbani Ahmed Faruki Serhendi hazretlerini Gwalyar şehrinde hapsettirdi. İki yıl sonra hatasını anlayıp bu büyük alimi hapisten çıkaran Sultan, 1000 rupye ihsan edip bağışlanmasını diledi. İmam-ı Rabbani hazretlerinin Cihangir Şaha yazdığı mektuplar, Mektubat isimli eserinde mevcuttur.
Cihangir Şah, bayındırlık işlerine de önem vermiştir. Agra’dan Etek’e ve Bengal’e giden ağaçlıklı yollar ve Agra ile Lahor arasında her üç kilometrede bir işaret kuleleri ve sulu gölgelikler yaptırmıştır. Tüzük-i Cihangiri ismi ile yazdığı hatıratı, kıymetli bir eserdir.
Kendisinden sonra oğlu Şihabuddin Muhammed, “Şah Cihan” unvanı ile tahta geçmiştir.