1913 yılında idadi teşkilatının kaldırılması üzerine tam devreli Sultani haline getirilen okul 1. Dünya Savaşı sırasında öğrencilerinin askere alınmasından dolayı 2. Devresi (Lise kısmı) kaldırılmış, 1921–1922 yılında kapatılan lise kısmı yeniden açılmıştır.
1925 yılında görülen lüzum üzerine lise kısmı tekrar kaldırılmış ve ortaokul getirilmiş, son olarak da Şubat 1932’de tekrar lise haline dönüştürülmüştür. 1945–1946 yıllarında yapımına başlanan 1948–1949 yıllarında öğretime geçen bugünkü okul binasının tamamlanmasıyla şimdiki yerine taşınmıştır. O yıllarda okulun adı Diyarbakır Lisesi olarak geçmekte idi. 1953 yılında Ziya Gökalp Lisesi adını aldı. Bütün bu değişikliklerden sonra 1990- 1991 öğretim yılında okulun ortaokul kısmı kapatılıp, müstakil Liseye dönüştürüldü.
Ziya Gökalp Lisesi Türkiye'nin en köklü okullarından biridir. Bu okuldan Abdülkadir Aksu, Mehdi Eker, Yılmaz Karakoyunlu, Attila Sönmez, Suat Yıldırım gibi birçok ünlü siyasetçi ve akademisyen mezun olmuştur.