Türkçe Bilgi logo TürkçeBilgi

Ecorv

Kısaca: EcoRV ("eko R beş" okunur) bazı ''Escherichia coli'' suşlarından elde edilen bir endonükleazdır. Alternatif adı Eco32I'dir. ...devamı ☟

EcoRV ("eko R beş" okunur) bazı Escherichia coli suşlarından elde edilen bir endonükleazdır. Alternatif adı Eco32I'dir. Bu enzim, moleküler biyolojide yaygın kullanılan bir tip II restriksiyon enzimidir , DNA'yı kestiği yerdeki uçlar küttür. Enzim palindromik olan 5'-GAT|ATC-3' DNA dizisini tanır ve onu dikey çizgi le gösterilen yerden keser. Meydana gelen uçlar küttür ve küt uçlu bir klonlama yerine bağlanabilir. Yapı Eco RV bir dimerdir, iki altbirim birlikte bir DNA bağlanma bölgesi oluşturular. EcoRV, normalde kestiği diziyi içeren bir DNA molekülü ile beraber kristalleştirilmiştir. Bu kristal kullanılarak bu protein-DNA kompleksinin yapısı çözülmüştür. Enzimin çekirdek kısmı beş tane beta yaprak, bunların iki yanında da alfa sarmallar bulunmaktadır. Bu çekirdek bölge diğer tip II restriksiyon endonükleazlarına benzer. N-ucunda bir ikilenme (dimerizasyon) bölgesi vardır, bu bölge kısa bir α-sarmal, iki antiparalel β yaprak ve bir uzun α-sarmaldan oluşur. Bu bölge sadece EcoRV ve PvuII'de görülür. EcoRV kendi tanıma dizisi için yüksek bir spesifiteye sahiptir. Enzim DNA üzerinde kayarken önce tanıma dizisinin dıştaki iki bazını (GAxxTC) tanır ve DNA'ya daha sıkı bağlanır, sonra eğer dizinin ortasındaki bazlar da doğruysa DNA eğrilir, proteinin bağlanması daha da sıkılaşır ve kesme meydana gelir. Enzimin dizisine bağlanması DNA'da şekilsel bir değişime yol açar, DNA 50° bükülür. Proteinin C-ucundaki pozitif yükler bu bükülmeyi sağlamaktadır. DNA'nın bükülmesi bazların istiflenmesini bozar, küçük oluk açılır, büyük oluk sıkışır. Bu durum kesilecek fosfodiester bağını enzimin aktif bölgesine yaklaştırıp orada kesilmesini sağlar. Kesilme tanıma dizisi içinde gerçekleşir ve ATP gerektirmez. EcoRV, protein etkisiyle DNA'da şekilsel bir değişiklik yapan tek tip II restriksiyon endonükleazları Kullanım EcoRV çoğunlukla gen klonlaması sırasında bir plazmid vektörü kesip içine araştırma konusu olan bir geni yerleştirmek için kullanılır. Enzim pekçok imalatçı tarafından temin edilir, gerektiği biçimde çalışması için inek serum albümini ile birlikte kullanılır. Genetik EcoRV endonükleazının geni ve EcoRV ile aynı DNA dizisini tanıyan EcoRV metilazın genleri kromozomda birbirine bitişiktir, transkripsiyonları aynı bölgeden zıt yönlere doğru yapılır. Ayrıca bakınız *EcoRI, E. coli'ye ait bir diğer endonükleaz. *EcoRII, E. coli'ye ait başka bir endonükleaz.. *FokI, Flavobacterium okeanokoites'e ait bir nükleaz.

Kaynaklar

Vikipedi