Şirket 2002 yılında kuruldu ve aynı yıl uçuşlara başladı. İlk uçuşunu Trabzon`a gerçekleştirdi. Ekim 2003`de farklı yerel noktalara uçuşları başlattı.
`ındaki Fly Air uçağı]
Uçus hatları
Fly Air 2007 itibari ile aşağıdaki noktalara uçuş gerçekleştiriyor:Yurt içi seferler: İstanbul, İzmir, Antalya, Adana, Şanlıurfa, Mardin, Trabzon
Uluslararası seferler: Amsterdam, Brüksel, Eindhoven, Zürih, Tel Aviv