Tahminen 1650`lerde Bolu ilinin Göynük ilçede doğmuştur. Bu tahmin II. Viyana Kuşatması sonrasındaki askeri yenilgiler nedeniyle devlet erkanının Ayasofya`da bir toplantı sonucu 6 Kasım 1687`de IV. Mehmed`i tahttan indirmesi olayını gördüğüne ait bilgiden ve o tarihte bu isyanın eleştirisini yapabilecek kadar olgun bir yaşta olmasından kaynaklanmaktadır.
Uzun bir ömür sürmüş olmasına rağmen hayatı ve Tarih`i hakkında çok az bilgi bulunmaktadır. Tarih`i ve diğer bazı bilgiler tek bir mecmuada toplanmış olup, hayatı hakkında bilinenler bu mecmuaya düştüğü notlardan ibarettir. Osmanlı tarih yazarları arasında hak ettiği yeri alması da geç bir aşamada, 20. yüzyıl araştırmacıları sayesinde gerçekleşmiştir. Özellikle, Romen tarihçiler Göynüklü Ahmed Efendi`nin Prut Seferi`ne (1711) dair kaydettiklerinin Moldavya tarihi için yeni ve çok önemli bilgiler içerdiğine dikkat çekmişlerdir.
Notlarından hareketle, Göynüklü Ahmed Efendi mecmuasını yazmaya ve günlüğünü tutmaya başladığı zaman hazine-i birun katibidir. Bu görevdeyken Rusya`ya açılan Prut Seferine (1711) katılmış, şahit olduğu olayları günü gününe kaydetmiştir. 1715`te Avusturya`ya açılan seferde hazine-i birun katipliğinin yanısıra piyade mukabeleciliği görevini üstlenmiştir. 27 Eylül 1716`da mevkufatçı olmuş, 23 Mayıs 1717`de bu görevden azledilmiştir. Eserine düştüğü kayda göre, 18 Ağustos 1720 tarihinde cebeciler katibidir ve daha önce silahdar katipliği de yapmıştır. Bundan sonra 22 Temmuz 1722`de büyük kale tezkireciliğine atanmış ve 24 Temmuz 1723`de azledilmiştir. Azledildikten iki yıl sonra, 24 Haziran 1725`de tekrar piyade mukabelecisi olmuş, 27 Nisan 1730`da üçüncü defa cebeciler katipliğine atanmıştır. Patrona Halil İsyanı`ndan kısa bir süre önce, 1 Ağustos 1730 tarihinde ikinci defa büyük kale tezkireciliği ve küçük ruznamçelik vekaleti kendisine verilmiştir. Tarih`indeki 17 Ekim 1730 tarihli kayıttan, isyandan sonra ikinci defa mevkufatçılık ile görevlendirildiği anlaşılmaktadır. İkinci mevkufatçılığının ardından ise, 26 Mayıs ile 20 Ekim 1732 tarihleri arasında küçük ruznamecidir. 7 Haziran 1736`da Osmanlı ordusu Rusya`ya karşı sefer için Davutpaşa Sahrası`na çıktığında Göynüklü Ahmed Efendi kalyonlar defterdarıdır ve seferden muaftır. Ayrıca bu görevi gereği Kırım`a gönderilmek için 5000 tüfek-endaz levendat yazımına memur edilmiştir. 27 Haziran 1740`ta tekrar Anadolu muhasebecisi atanmış, 31 Aralık 1740`ta bu görevden azledilmiştir.
Subhi Tarihi`ne göre 17 Aralık 1742 tarihinde tekrar cebeciler katipliğine atanmış ve 25 Ekim 1743`e dek bu görevde kalmıştır. Kendi eserindeki kayda göre 3-4 Mart 1749`da Istanbul`da çıkan bir fırtınada zahire yüklü gemilerin zarar gördükleri bir zamanda anbar emini olarak görevlidir. 7 Kasım 1744`de şıkk-i sani defterdarı atanmıştır ve ölünceye dek, 14 yıl bu hizmette bulunmuştur. Yüz yaşını geçmiş olarak Mart veya Nisan 1759`da ölmüş ve Üsküdar`da gömülmüştür. Tarih`ine düştüğü son kaydın 24 Mart 1759 tarihini taşıdığı göz önüne alınacak olursa, ölümünün hemen öncesine kadar yazmıştır.
Tarihi 19 Şubat 1711`de Osmanlı ordusunun Rus ordusuna karşı sefere çıkışı ile başlamakta ve 24 Mart 1759`da Sultan III. Mustafa`nın kızının doğması dolayısıyla yapılan şenlikleri anlatımıyla son bulmaktadır. Bizzat şahit olduğu olayları günü gününe kaydetmeye çalışmış, ve özellikle 1711-1726 arasında bunu titizlikle gerçekleştirmiştir. Olayları şahit olduğu ve kendisine nakledildiği şekliyle sade, anlaşılır bir dil ile kaydetmiştir. Bu olaylar arasında 1715 Mora Seferi, 1716 Avusturya Seferi, Ağustos 1720`de sur-ı hümayun hitan şenlikleri, 18 Ekim 1728`de Zeyneb Sultan ile Mustafa Paşa ve Hasibe Sultan ile Silahdar Mehmed Paşa için yapılan çifte düğün, 28 Şubat 1743`de yapılan Esma Sultan`ın düğünü sayılabilir. 1723-1736 arasında Osmanlı-İran ilişkilerini İstanbul`dan, ancak titizlikle takip etmiştir. Aynı zamanda İstanbul`da yaşanan yangınları, zelzeleleri, kendisine ilginç gelen olayları not etmiştir. Düşüncelerini ve eleştirilerini de Patrona Halil İsyanı, asilerin İstanbul`daki vukuatları, III. Ahmed`in tahttan indirilmesi ve Nevşehirli Damat İbrahim Paşa`nın öldürülmesinde (1 Ekim 1730) olduğu gibi zaman zaman dile getirmiştir. Eserinin Baltacı Mehmed Paşa`nın komuta ettiği Prut Seferine ait dört sayfasının bilinmeyen bir vakitte koparılmış olması, bu sayfalarda neler yazılmış olabileceğine dair tarihçiler arasında tartışmalara neden olmuştur.