FKF ve TİP içinde ortaya çıkan ayrışmada MDD kesiminde yer aldı. İşçi-Köylü gazetesinin istanbul'daki bürosunda çalışan Kaypakkaya, Aydınlık ve Türk Solu dergilerine yazılar yazdı. Aydınlık içinde meydana gelen ayrışmada D. Perinçek'in başını çektiği PDA kanadında yer aldı. 1972 yılına kadar PDA (TİİKP) saflarında çalıştı ve DABK üyesi olarak görev yaptı. Bu tarihte PDA ile yolları ayrıldı. D. Perinçek ve çevresinin revizyonist ve oportünist olduklarını söyleyen Kaypakkaya, ayrılık sonrasında TKP/ML-TİKKO'yu kurdu.
TKP/ML faaliyetlerinin yoğunlaştırıldığı Dersim bölgesinde mücadele ederken, 24 Ocak 1973'de Vartinik mezrasında Kolluk Güçleri bulunduğu sığınağın etrafı sarıldı. Çatışma sırasında Ali Haydar Yıldız yaşamını yitirirken, Kaypakkaya yaralı olarak çatışma alanından uzaklaştı. Beş gün sonra kendisinin kaldığı köydeki bir öğretmenin ihbarıyla yakalandı. Dört ay süren sorgulama sürecinde hiçbir şeyi kabul etmedi ve maruz kaldıği işkenceler sonucu 18 Mayıs 1973'de yaşamını yitirdi.