Türk araştırmacılar ise İstanbul Üniversitesi'nin köklerini 1453'e götürmektedir.Gerçekten, Fethin ertesi günü 30 Mayıs 1453'te Ayasofya ve Zeyrek'te yapılan bilimsel toplantılar Türk-Osmanlı bilim yaşamının ilk günü ve takiben bir külliyenin kurulması başlangıç sayılmaktadır. Nitekim, Sıddık Sami Onar, "Türklerin İstanbul'da bir üniversite bulamadıklarına ve kendi uygarlıklarını yerleştirdikleri bu kentte kendi tarzlarında kurdukları" üniversite eğitime dikkatleri çekmektedir. Yine, Cemil Bilsel Tıp, Hukuk, Fen ve Edebiyat Fakültelerinin ve bunların bir arada İstanbul Üniversitesi'nin en uzak başlangıcının Fatih Kulliyesi'nin açıldığı 1470 yılı olduğunu ifade etmektedir. Bu arada, Sovyet tıp bilgini Danişefski Dünya'nın en eski tıp fakültesinin İstanbul'da olduğu görüşündedir.
Yükselme ve Genişleme dönemlerinde kurulan Beyazıt, Yavuz ve Kanuni Süleyman Medreseleri dönemlerinin hukuk, edebiyat, ilahiyat ve tabii bilimler okutulan birer görkemli üniversitesi sayılırlarken; Duraklama ve Gerileme dönemlerinde, gözlem ve deneyi reddeden, akılcı ve bilimsel özellik ve güçlerini yitirmiş, İmparatorluğun kaderini paylaşarak benzer süreci yaşamışlardır.
İslahat ve Tanzimat'ın batılılaşma hareketi eğitim kurumlarına da yansımış, bilgisizlik her alanda yenilmişliğin sebebi olarak ortaya konmuş ve "ilerleme ancak ilim ile gerçekleşebilir ilkesiyle" 23 Temmuz 1846'da Darülfünın kurulması fermanı "laik yüksek okulların başlangıcı" kabul edilmektedir.
Cemil Bilsel , I. Darülfünun'da 31 ilk kanun 1863 günü verilen ilk deneysel fizik dersini İstanbul Üniversitesi ' nin yakın başlangıcı olarak değerlendirmektedir.
Ne yazık ki, öğrencinin devamsızlığı, ilgisizliği ve ciddiyetten uzak tavrı ilk denemelerin sonu oldu.
20 Şubat 1870'de, bu kez "Darülfünun-u Osmani" adıyla modern ilim anlayışına ve düzeyine ulaşmak beklentisi içinde üniversite ikinci kez açıldı.Ancak, öğretim kadrosunun ve kitap yetersizliğinin yanısıra verilen bir konferanstan duyulan hoşnutsuzluk 1872'de bu girişimin sonu olmuştur. C. Bilsel'in araştırmalarına göre kapanış sebebi "bilgisizlik ve taassuptur, batılılaşma hareketine tahammülsüzlüktür."
Üçüncü evre 1874'de Galatasaray binasında edebiyat, hukuk ve fen bölünlerinden oluşan Darülfünun-u Sultani'nın açılmasıyla başlar. Derslerin Türkçe ve Fransızca okutulduğu bu kurum hakkında 1881'den sonra resmi kayıtlarda hiçbir belge ve bilgiye rastlanmaktadır . Ancak, üç dönem mezun verdikten sonra 20 yıl süreyle ortadan kalktığı bilinmektedir.
II. Abdülhamit'in tahta çıkışının 25.yılında, 1 Eylül 1900'de din, matematik ve edebiyat bölümlerinden oluşan dördüncü darülfünun, Darülfunun-u Şahane (İmparatorluk Üniversitesi) adıyla açıldı. Ancak, hiçbir koda özerkliği olmayan, istibdat yönetiminin sıkı denetimi altında oluşturulmuş, bilimsellikten uzak bir eğitim kurumu olarak tanımlanmaktadır.
Nihayet, Meşrutiyet ilanıdan sonra Hukuk, Tıp, Fen, Edebiyat ve ilahiyat bölümlerinden oluşan İstanbul Darülfünunu 20 Nisan 1912'de tarihli bir kararla kuruldu.1919 yılında yeni bir düzenlemeyle ilmi ve kısmen yönetimsel özerkliğe kavuştu.
Her ne kadar, bu dönemi araştıran Osman Nuri Ergin, V.Darülfünun'un kuruluşunun bilimsel düzey, örgütlenmesi ve kadro yetersizlikleri nedeniyle tamamen şekli bulmakta ise de, Modern Türkiye'nin Doğuşu yapıtında Bernard Lewis "İstanbul Darülfünun, kültür tarihi açısından tüm Doğu Alemi için önemli bir aşama" saymaktadır.
Cumhuriyet öncesi bu dönemin ilgi çekici olaylarından biri "lise tahsilini bitirmiş olan kız çocuklarına tahsilden mahrum kalmamaları için Darülfünun dahilinde 'kızlara serbest dersleri' adı altında derslerin verilmesiydi" saptamasını yapan A. R Başaran devamla, "bir müddet sonra Zeynep Hanım Konağında edebiyat, matematik ve tabii ilimler tahsil etmek için müstakil sınıflar tesis edilmiştir. Hukuk ve Tıp okullarına kız öğrencilerin kayıt olmalarına o tarihte müsade olunmamıştır. Kızların erkeklerle aynı dersanede veya aynı binada o zamana göre okumaları hoş görülmemiş, kızların sınıfları Cağaloğlu'nda bir binaya taşınmıştır. Cumhuriyet ilanından sonra erkeklerle beraber Darülfünun derslerine devamlarına müsaade edilmiş, Tıp ve Hukuk Fakültelerine de kızlarımız kayıt olmuştur" demektedir.
Yine bu dönemin önemli olaylarından biri de, 1915-18 döneminde halen medrese ruhunu taşıyan Darülfünun'un değişik bölümlerine yabancı bilim adamlarının çağrılmasıdır.İttihatçıların girişimiyle gerçekleştirilen bu atılım Widmann'a göre "bir bütün olarak bakıldığında başarılı olmamış, kaybedilen savaştan sonra Üniversite, ancak Cumhuriyet devrinde kurtulabileceği bir bunalıma girmiştir".
Akla ve bilime dayalı bir "kuruluşu" amaçlayan Genç Türkiye Cumhuriyeti ise "kurtuluşu" izleyen dönemde 21 Nisan 1924 tarihli ve 493 sayılı Kanun'la İstanbul Darülfünunu'nun tüzel kişiliğini tanımış ve 7 Ekim 1925'de kurumun bilimsel ve yönetsel özerkliğini kabul etmiş, medreseler "Fakülte" saatüsüne kavuşturulmuştur.Darülfünunun ülkenin bilim merkezi olmasını ve genç kuşakları Batı üniversiteleri düzeyinde yetiştirmesini bekleyen Cumhuriyet verdiği özerkliğin yanısıra Darülfünunun bütçesini de ayırıp arttırmıştır.Çağdaş bilimselliğe ulaşma arayışları çerçevesinde 1924-26 döneminde yabancı hocaların bir kez daha İstanbul'a çağrılmaları da bu anlayışın bir ifadesi olmaktadır.
Ancak 4 Mart 1924 tarihli yasayla öğretimi birleştiren, sivilleştiren Cumhuriyet hükümeti, C.Bilsel'in açıklamalarına göre, daha önce bağnazlık ve bilimsel eksiklik nedeniyle birkaç kez kapanan Darülfünunu bu kez "politik endişelerle değil, bilime verdiği üstün önem nedeniyle"; Ernest Hirsch'in yorumuna göre ise "... ülkenin geçirmekte olduğu köktenci politik ve toplumsal değişiklik ve dalgalanmalara karşı duyarsızlığı, suskunluğu ve hatta bir Ortaçağ izolasyonuyla dış dünyaya tamamen kapanmış olması" endişesiyle köklü bir değişim atlılımda kararlılığını açıklayarak kapatmıştır. Kuşkusuz, bunca yıllık hayatının sonunda Darülfünun içinde de bu değişimi yüreklilikle destekleyen "Türk profesörlerinin intihar kulübü" (P.Schwartz'ın yayınlanmış anılarından zikreden Widmann) varlığını gösteriyordu. 1924-26 döneminde yabancı hocaların bir kez daha İstanbul'a çağrıldıklarını görüyoruz.Politik otoritenin, toplumun ve herşeye rağmen Darülfünunun bir köklü değişim arayışı İsviçreli pedagoji profesörü Albert Malche'ın 1932 yılı başında bir reform önerisi hazırlamak üzere çağrılmasıyla sonuçlanıyor. 29 Mayıs 1932'de Hükümete sunulan rapor esas alınarak 1933'de çıkarılan 2252 sayılı yasayla TBMM, Darülfünunu ve ona bağlı bütün kurmları kadro ve örgütüyle lağvedip Milli Eğitim Bakanlığı'nın İstanbul'da yeni bir üniversite kurmasını kabul etti. İstanbul Üniversitesi 1 Ağustos 1933'de yeni bir kadro ve yapıyla açıldı. Cumhuriyet 10.yılını kutlarken 1 Kasım 1933'de İstanbul Üniversitesi "ilk ve tek" üniversite olarak eğitime başladı.
A.Kazancıgil'e göre 1933 Reformu "1924'te başlayan 'Atatürk Kültür Hareketi'nin önemli bir parçası ve devamlılığının simgesidir."
Daha önce kendisine 19 Eylül 1926'de fahri müderrislik payesini veren Darülfünunu ilk kez 1930'da, ve ikinci kez 1933'te ziyaret eden Atatürk -Widmann'ın yorumuna göre- "İstanbul Üniversitesi projesi büyük önem taşımakta ve bunu batılılaşma arayışının etkin bir aracı olarak görmekteydi."
Bugünkü anlamıyla kurulan İstanbul Üniversitesi'nin açılış konuşmasında Reşit Galip "...artık üniversitenin tarafsız bir seyirci gibi kalan, ...yalnız ders okutan, bilimsel araştırmalara yer vermeyen, " bir kurum olmak yerine "...en esaslı vasfı milliliği ve inkilapçılığıdır" diyerek bilimin ve Üniversitenin toplum hayatındak yaşamsal işlevini öne çıkarıyordu.
İlginç bir kader, Dünya'nın savaş konjonktürü özellikle Alman ve Avusturyalı, Fransız, İtalyan ve Macar bilim adamlarının entellektüel göç ve ilticaını başlattı. Yabancı hocların Türk akademik çevreleriyle bir kez daha oluşturduğu renklilik, batı alemiyle beraberliğin verdiği fikri ve bilimsel ivme ürünlerini eğitim sistemi, genç akademik kadroların oluşup yetişmesi, bilimsel yöntem ve araştırmanın yerleşmesi, kurumlaşma gibi gayet olumlu bir geniş yelpazede ortaya koydu.
Kuruluşun mimarları olan öğretim kadrosu 29 Mayıs 1934 tarihli 2467 sayılı teşkilat yasası ile ç kaynaktan gelmişti: ilki, lağvedilen Darülfünundan gelenler, ikincisi Cumhuriyet döneminde Batı'da eğitim görmüş, bilimsel yeterliliğe sahip olanlar ve üçüncüsü yabancı hocalar.
Batılı araştırmacılar için "fikir ve bilim, kısaca beyin kaybı" olarak nitelendirilen bu göç ve iltica genç Cumhuriyet'in bilimsel kurumlarını doğup serpilmesinde, sadece İstanbul Üniversitesi'nin değil kurulmakta olan yeni üniversite ve eğitim kurumları için de maliyeti çok düşül ama etkisi çok büyük ve kalıcı tarihi bir fırsat olmuştur.
S.S. Onar'a göre "akademik mesleğin tabanını hazırlamayı" amaçlayan 1933 Reformu yönetimsel özerklik ilkesine karşın "hala rektörü Milli Eğitim Bakanlığınca tayin edlien, önderdiği dekanlar yine Milli Eğitim Bakanı tarafından atanan, fakat üniversite işlerinde bir dereceye kadar yetki genişliğine sahip yöneticiler" sistemine dayanıyordu. Döneme ilişkin belgeler daha önce Darülfünun ve olan Zeynep Hanum Konağı'nın 28 Şubat 1942'de ve daha sonra Ankara'da Milli Eğitim Bakanlığı binasının 1946'da yanmasıyla kaybolmuş, yok olmuştur.
İstanbul Üniversitesi'nin bu yasal sistemi 1946'ya kadar sürerken akademik mesleğin tabanı ortaya çıkmıştı. 13 Haziran 1946'da 4936 sayılı yasayla artık Türk üniversiteleri'ne ve onları oluşturan fakültelere bilimsel ve yönetimsel özerklik tanınmış ve bu kurumlara birter "hizmet yerinden yönetim" yapısı kazandırılmıştır.Bu önemli değişikliğin gerekçesi "fakülte ve üniversitelerin diğer devlet kuruluşlarına benzemeyen bir yapıda olmaları ve bu sebeble yöneticilerin ayrı bir görgü ve uzmanlığa ihtiyaç göstermesi, bu fakülte ve üniversitelerin diğer yönetim teşkilatı dışında özerklikleri ve yasal kişilikleri olan ve Milli Eğitim Bakanı'na doğrudan bağlı bulunan, ayrı bir bütçeye sahip olmaları" şeklinde gösterilmiştir.
Bu yasa, Onar'a göre, "Türk Üniversiteleri'nin kuruluşu ve işleyişini, akademik kariyer mensuplarının ilim, görev ve fikir istiklalini, özgürlüğünü sağlam esaslara bağlamakla beraber daha ilk senelerde ihlallere uğradı... ve kariyer mensupları fikir hürriyetleri tahdit edilerek ... keyfi takdiri Bakanlık emrine alınmaya başlandı."
Bu tür ihlaller ve K. Oğuzman'a göre "Üniversitelerin özerklik çerçevesinde iyi bir oto-kontrol sistemini işletememeleri ve üst derece kadroların yetersizliği 27 Mayıs 1960'ın her alanda reform arzuları ile birleşince" bir yandan 1961 Anayasasının 120.maddesinde üniversiteler özerk kuruluşlar olarak yer alırken, 27.10.1960 tarihli 115 sayılı yasa, 1946 tarihli 4936 sayılı yasanın bazı maddelerini değiştirip yeni maddeler eklemiştir.Bu yasayla Milli Eğitim Bakanlığının Üniversite üzerindeki yetkileri azalmış, fakülte kurullarına daha geniş katılım sağlanmış ve kadro tıkanıklıklarını aşmak üzere yeni düzenlemeler getirilmiştir.Kısaca yönetim, teşkilat, öğretim üyelği ve yardımcılığı konularında daha geniş özerklik koşullarında yeni esaslar konmuştur.
Yapılan değişikliklerin bir kısmı İstanbul Üniversitesi'nde bazı aksaklıkları düzeltip daha uygun bir çalışma ortamı sağlamış ise de toplumsal ve politik gelişmelerin gerek ülkede gerek üniversitelerin idari özerkliğinin Anayasa güvencesinden yoksun bırakılması tehlikesi ile karşı karşıya bırakmış;ancak, 20.9.1971 tarihli 1488 sayılı yasayla Anayasa'da yapılan değişiklikte üniversite özerkliğine dokunulmamasında İstanbul Üniversitesi'nin görüş ve tutumunun ciddi, tarihsel bir etkisi olmuştur.
İstanbul Üniversitesi 20.6.1973 tarihli 1750 sayılı yeni Üniversiteler Kanunu ile Cumhuriyetin 50.yıldönümünde yeni bir düzende girmiştir.4936 sayılı yasağı tümden değitiren bu yasayla iki yeni üst kurluş Yüksek Öğretim Kurulu ve Üniversite üyesi gereksinimini karşılama görevi bu kez eski ve köklü üniversitelere getirilmiştir.Yasanın öngördüğü gelişmekte olan üniversitelere öğretim üyesi yardımını İstanbul Üniversitesi'nin büyük ölçüde yerine getirdiği yadsınamaz.
Bugün İstanbul Üniversitesi 6.11.1981 tarihli 2547 sayılı yasa hükümlerine tabi olarak çalışmakta; çağdaş, ilerici ve laik bir eğitim kurumu olarak tarihsel, toplumsal ve bilimsel işlev sürdürülmektedir.
İstanbul Üniversitesi'nin simgesi olan "yılanlı amblem" 1243 tarihli Selçuklu Şifa yurdu motiflerinden Prof.Süheyl Ünver tarafından esinlenerek yaratılmıştır.
