John Deacon'ın dersleriyle ilgilenmesine karşın müziğe karşı daha eğilimliydi. On dört yaşında ilk grubu olan Opposition'da yer almıştır. Şubat 1971'de Freddie Mercury, Brian May ve Roger Taylor tarafından keşfedilerek kendisinden gruplarına katılması istenmiştir. John Deacon grubu katılmış ve Queen resmen kurulmuştur.
John Deacon, Queen grubundaki en pasif eleman gibi gözükse de grubun en ciddi elemanıdır ve bu ciddiyetinden mümkün olduğunca ödün vermemiştir. Gruba verdiği ilk beste Sheer Heart Attack albümündeki Misfire adlı şarkıdır. İlk kırkbeşlik haline getirilen bestesi A Night At The Opera adlı albümdeki You're My Best Friend adlı şarkıdır. The Game albümünde yer alan Another One Bites The Dust adlı şarkı dünya çapında, özellikle ABD'de (burada bir numaraya yükselmiştir.) bir hit haline gelmiştir.
John Deacon Freddie Mercury öldükten sonra son olarak 1995'te Queen'in son stüdyo albümü Made In Heaven için çalışmış ve ondan sonra Queen adına yapılan hiçbir projeye katılmamıştır. Şu anda müzik alanında bir faaliyette bulunmamaktadır.