Dağları: Malatya’nın güneyinde yüksek dağlar birbirine yakın sıralar halinde uzanır ve bu dağlar Güneydoğu Torosların başlangıcıdır. Malatya Dağları da denir. Malatya Dağlarındaki başlıca tepeler şunlardır: Karakaya Tepe (2424 m), Şillon Tepe (2525 m), Gavrik Tepe (2306 m), Kelle Tepe (2150 m).
Güneydoğu Toroslarının kolları Adıyaman, Kahta ve Malatya Ovasının arasını doldurur. En yüksek yeri Nurhak Dağlarıdır. Nurhak Dağının doruğu (3080 m) Maraş sınırları içinde kalır. Malatya’nın kuzeyini Yama Dağının en yüksek tepeleri Doyuran Tepe (2425 m), Hasbek Tepe (2310 m) ve Göl Dağı (2402 m) kaplar.
Malatya Toroslarının güney, kuzey ve batı yamaçlarında yan yana dizilmiş platolara “Güney Platolar” denir. Suyu ve çayırı boldur. Başlıcaları Küçük Kuruca ve Büyük Kuruca’dır.
Yama Dağı eteklerinde sıralanan platolara “Kuzay Platolar” denir. Yüksekliği 1500 m’dir. Hayvancılığa müsaittir.
Ovaları: Malatya Ovası: Kuzey ve güneydeki dağ sıraları arasında Doğu Anadolu’nun en geniş düzlüğüdür. Ortalama yüksekliği 900 m, yüzölçümü 830 km2dir. Tohma, Sultan Suyu ve Fırat arasında kalan geniş alanı kaplar. Üçgeni andırır.
Doğanşehir Ovası: Sürgü Ovası, İzoli Ovaları, Mığdı Düzü, Yazıhan Düzü, Tokma Suyunun kuzeyindedir. Arguvan, Diştrik, Çapıtlı, Mandara, Tafta, Akçadağ, Erhaç, Arga Yazısı, Ören Yazısı başlıca düzlükleridir.
Akarsuları: Malatya Ovasını sulayan bütün akarsular Fırat’ın kollarını meydana getirir. Çok geniş bir su toplama alanı olan Fırat, Elazığ ile sınırı çizer. Başlıca akarsuları Tohma Suyu, Arapkir Çayı, Derme Suyu, Hatun Suyu, Dilek Suyu, Kuru Çay, Horata Çayı, Orduzu Suyu, Sürgü Suyu, Sultan Suyu ve Dipsiz Çaydır. Tohma Suyu: Malatya’nın en büyük akarsuyudur. Yaz kış suyu boldur.
Göller: Malatya’da önemli tabii göl yoktur. Tohma suyu ile Sürgü Suyu üzerinde kurulu iki küçük baraj gölü vardır. Sulamada kullanılır. Karakaya Barajının % 59’u Malatya sınırları içinde ve 65 köy baraj gölü altında kalmıştır.
İklim ve Bitki Örtüsü
İklim: Bu bölgede sert kara iklimi hüküm sürer. Kışlar soğuk ve uzun, yazlar sıcak ve kurak geçer. Sıcaklık -25, 1°C ile +41,8°C arasında seyreder. Üç ay 30°C’nin üstünde ve 2,5 ay 0°C’nin altındadır. Senelik yağış ortalaması 383 mm’dir. Senenin bir ayı karla örtülüdür.Bitki örtüsü: Malatya il topraklarının % 54’ü çayır ve mer’alarla, % 31’i ekili ve dikili arazi ile kaplıdır. Ormanı azdır. Ormanlık alanı % 10’dur. Geniş Malatya Ovası, bozkır görünümündedir. Akarsu çevreleri orman gibi uzayan kayısı (meyve) bahçeleri ile kaplıdır. Burada dünyanın en nefis kayısıları yetişir. Malatya Toroslarında en çok meşe, vadi yamaçlarında ardıç ağaçlarına rastlanır. Platolar çayır bakımından zengindir.