Mani alfabesi, VIII. yüzyıl ortalarında Göktürk yazı sistemiyle Türkçe eserler verilirken 745 yılında, Moğolistan’daki büyük Türk kağanlıklarından ikincisi kurulmuştu: Uygur Kağanlığı. Göktürk Yazıtları’nda Tokuz Oguz adıyla geçen bu Türk boyunu kağanlık hâline getiren Kutlug Bilge Kül Kağan’ın torunu Bögü Kağan’ın Mani inancını benimsemesinin (762) ve kendi halkına da kabul ettirmesinin bir sonucu olarak Türkler arasında kullanıma girmiştir.
Alfabe sağdan sola doğru yazılır. Mani alfabesinin Uygurlar tarafından geliştirilmiş şekli, ünlü işaretleri bakımından yetersiz olup bütün Sami alfabelerinde olduğu gibi ünlü sistemi a, u ve i’yi karşılayan sembollerle işaretlenmiştir.