Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, Marmara Üniversitesi rektörlüğüne bağlı olarak lisansüstü eğitim-öğretim yapılan yükseköğretim kurumu.
Marmara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, 41 Sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile Marmara Üniversitesi rektörlüğüne bağlı olarak 10 Temmuz 1982 tarihinde kuruldu. Marmara Üniversitesi`nin Mühendislik Fakültesi, Teknik Eğitim Fakültesi, Fen-Edebiyat Fakültesi ve Atatürk Eğitim Fakültesi`nin Fen Bilimleri ve Müzik Eğitimi ile ilgili Anabilim Dallarında yüksek lisans ve doktora düzeyinde eğitim ve öğretim, bilimsel araştırma ve uygulama yapılması amaçlanan çalışmalarına Mart 1983 tarihinde başlandı.
Programlar
Aşağıdaki tabloda Ağustos 2006 tarihi itibariyle aktif lisansüstü programları yer almaktadır.| FEN | TEKNİK EÄİTİM | MÜHENDİSLİK | DİSİPLİNLER ARASI |
| Biyoloji | Elektronik - Bilgisayar Eğitimi | Bilgisayar Mühendisliği | Çevre Bilimleri |
| Fizik | ``Bilgisayar - Kontrol Eğitimi`` | Çevre Mühendisliği | Mühendislik Yönetimi |
| ``Fizik`` | ``Elektronik - Haberleşme Eğitimi`` | Endüstri Mühendisliği | Su Ürünleri |
| ``Atmosferik Fizik`` | Elektrik Eğitimi | Kimya Mühendisliği | Mekatronik |
| Kimya | Makine Eğitimi | Biyomühendislik | ||
| ``Analitik Kimya`` | Matbaa Eğitimi | Makine Mühendisliği | |
| ``Anorganik Kimya`` | Metal Eğitimi | Metalurji ve Malzeme Mühendisliği | |
| ``Biyokimya`` | Teknoloji Eğitimi | |||
| ``Fiziko Kimya`` | Tekstil Eğitimi | |||
| ``Organik Kimya`` | | | ||
| Matematik | | | ||
| ``Teorik Matematik`` | | | ||
| ``Uygulamalı Matematik`` | | |
