1518 yılında Roma'da Luther'in fikirlerine karşı bir papalık davası açıldı. Bu engizisyon davasında Luther gıyabında yargılandı. Papa her ne kadar afaroz ettiyse de o, afaroznameyi halk arasında yaktı. İmparator Maximillian onu heretik (dinden çıkmış, sapkın) ilan etti; Luther, suçlamalara cevap vermek üzere Roma'ya çağrıldı. Ama o, Roma'ya gitmek yerine, Augsburg'ta Kardinal Cajetan'a ifade vermeyi tercih etti. Cajetan ondan fikirlerinden ve Kilise'ye yaptığı saldırılarından vazgeçmesini isteyince, Luther, Wittenberg'e döndü. Burada Kutsal Roma Germen İmparatorluğu'nun imparator seçme yetkisi olan Saksonya Dükü III. Frederick onu himayesi altına aldı. Papa X. Leo, III. Frederick'ten Luther'in sürgüne gönderilmesini talep ettiyse de, dük bu emre itaat etmedi. Bu arada bazı görüşlerinden vazgeçen, hatta Papa'ya bir özür mektubu bile gönderen Luther, Ingolstadt Üniversitesi rektörü Johann Eck ile endüljans konusunda bir münazaraya katıldı. Bu münazarayı Eck kazandı ama Luther, Roma'nın şimşeklerini iyice üzerine çekti.
15 Haziran 1520 günü Papa X. Leo, Luther'i bir bildiriyle aforoz etti. Ekim ayında papalık bildirisi Luther'in eline geçti ama Erfurt Üniversitesi'ndeki öğrencileri onu parçalayıp suya attı. Üniversite yetkilileri ise bu olaya müdahale etmedi. Derken Luther, belki de en meşhur kitabı olan Von der Freiheit des Christenmenschen (Hıristiyan Kişinin Özgürlüğü Üzerine) isimli kitabını Papa X. Leo'ya açık bir mektupla birlikte yayımladı. Onun düşüncesinin teolojik ve ideolojik temellerini yansıtan bu küçük eserin özünde ise Freiheit (özgürlük) kavramı vardır.
1521 yılında Luther bu sefer de İmparator V. Charles tarafından Worms Kurulu'na ifade vermek üzere çağrıldı. Yolda Erfurt, Eisenach, Gotha ve Frankfurt'ta vaazlar verdi ve Worms'a büyük bir kalabalık eşliğinde zafer kazanmış komutan edasıyla girdi. Burada kendisinden yazmış olduğu kitaplardaki heretik fikirlerinden vazgeçmesi istendi. Luther şöyle bir ifade verdi: "Kutsal Metinler ve akıl yoluyla ikna edilmediğim sürece papalar ve konsillerin otoritesini kabul edemem. Zira bunlar kendi aralarında çelişmekte ve benim vicdanım da sadece Tanrı'nın sözüne bağlıdır. Bu sebeple hiçbir görüşümden dönmüyorum çünkü kişinin vicdanına rağmen yazdıklarını inkar etmesi doğru ve güvenilir olmaz. Tanrı yardımcım olsun".
Worms Kurulu, sonuç alınamadan dağıldı. Luther de yerleştiği Wartburg'da İncil'in Almancaya tercümesine başladı. Luther, Wartburg'tayken Wittenberg'te de önemli değişiklikler oluyordu: Özel ayin isteklerini reddeden keşişler Augustinien tarikatını terk etti. Kale Kilisesi'nin rahibi evlendi; öğrenciler Fransisken manastırındaki sunağı tahrip etti; ayinler Almanca yapılmaya başlandı ve şarap kadehi ilk defa kiliseye gelen cemaate de sunuldu. Luther hakkındaki yasaklamalar kaldırıldı ve o da Wittenberg'e dönerek kilisede vaaz vermeye başladı. Nürnberg Kurulu, Luther'den artık kitap yayımlamamasını isteyerek Katolik doktrini dışındaki vaazları yasakladıysa da Luther yazmaya devam etti; hatta şair ve müzisyenlerden ayinlerde kullanılacak yerel dile katkıda bulunmalarını istedi. 1524, Almanya'da karışıklıkların yaşandığı bir yıldı. Köylüler Luther'in öğretileri doğrultusunda ekonomik koşullarının iyileştirilmesi için ayaklandı. Liderleri arasında Wittenberg'te eğitim almış bir ilahiyatçı olan Thomas Müntzer de vardı. Luther köylülerin saldırılarına karşı bir kitap yazdı ve ayaklanma Frankenhausen'de bir çatışmada 50 bin kadar köylünün öldürülmesiyle sona erdi, Protestan rahiplerden bazıları Katolik prensler tarafından idam edildi ve köylüler Luther'in kendilerini aldattığına inandı.
Eski bir rahibe ile evlenmiş olan Luther, 1526'da Deutsche Messe und Ordnung des Gottsdienstes (Almanca Ayin ve Kutsal Merasim Düzeni) adıyla yayımlamış olduğu ayinlere başladı. 1529 senesinde önce Batı medeniyetini İslam tehlikesinden korumak için Türklere karşı savaşmanın her Hıristiyanın üzerine vazife olduğunu bildiren küçük bir eserden sonra, Hıristiyanlığın temel inanç ve doktrinlerinin soru-cevap şeklinde öğretildiği Küçük ve Büyük Kateşizm'i yayımladı. Üç yıl sonra Nürnberg Dini Barış Komitesi, Alman Protestanlara özgürlük tanıdı. Luther, Wittenberg İlahiyat Fakültesi'nin dekanlığına getirildi. Sağlık sorunları olmasına rağmen yazmayı sürdürdü. Önce Anabaptistler (vaftiz uygulamasının sadece ergenlikte olabileceğini iddia eden bir protestan mezhebi) daha sonra Yahudiler aleyhine yazdı ve Kutsal Metinler'den hareketle papalığa karşı oldukça ağır bir dille eleştiri olarak Wider das Papsttum zu Rom vom Teufel Gestiftet (Roma'da Şeytan Tarafından Kurulmuş Papalığa Karşı) eseriyle papalığa son darbesini indirdi. 17 Şubat 1546 günü doğduğu yer olan Eisleben'de kalp ve böbrek yetmezliğinden öldü.Ünlü Reform hareketinide o başlatmıştır(almanyada 16. yüz yılda.).
Luther’in din ve kilise hakkındaki görüşleri:
İnsanın tanrı yasalarını ilahi bir sezgiyle kavrayıp izleyebileceği yolundaki Thomasçı “iyimserlik” yerine, insanın “düşüş”le açıklanan öze ilişkin günahkarlığını ve bir bakıma “düzelmezliği”ni öne çıkaran Augustinusçu “kötümserlik”, Luther’in din hakkındaki görüşlerinin hareket noktası olmuştur. Bu doğrultuda, döneminin reformundan çok rönesansı etkilemiş, hümanist düşünürlerince vurgulanan, insanın yetenekleriyle erdemlerini yücelten görüşler Luther’e ters gelmekteydi (Ağaoğulları, 1997).
Erasmus gibi hümanist Rönesans düşünürlerini Luther’in görüşlerinden uzaklaştıran temel noktalardan biri Luther’in insan iradesine ve bu iradenin ürünü olan eyleme değil, insanın ruhsal yanına ve ruhun düzeltilmesi için vazgeçilmez gördüğü imana ağırlık vermesiydi. Nitekim, Erasmus’tan gelen ve insanların zamanlarını ve yeteneklerini böylesi bir labirentte harcamamalarını tercih edeceğini bildiren görüşlere karşı, 1525 yılında Luther “Köle İrade Üzerine” adlı yapıtını yayınlamıştı. Bu yazısında, anti-hümanist ve aşırı Augustinusçu bir insan anlayışını savunan Luther, Erasmus’un görüşlerine şu noktada kesinlikle karşı çıkıyordu: Erasmus’ta insan, kendi akıl yürütme gücüyle, Tanrı’nın insandan beklediği eylem biçimlerinin ne olduğunu kavrayabilir. Luther’e göre ise, aksine, biz hepimiz, bütün insanlar ilk günah nedeniyle, günahkar yaratıklar olduğumuz için tanrı tarafından terkedilmiş bir durumdayız. Dolayısıyla tüm insanlar, bağımlı, lanetli, tutsak, hasta ve ölüdür. Bu nedenle, Tanrı’yı insan aklı ile ölçülebilir, kavranabilir ve bilinebilir bir varlık diye kabul etmek günahkarca bir anlayıştır. İnsanlar, Tanrı’dan o denli uzaktırlar ki, Tanrı’nın neyi isteyip neyi istemediğini bilme umutları bile yoktur (Batur, 1988).
Bu noktada, eğitiminin başlangıcında öğrendiği Ockhamcı nominalizme başvuran Luther’e göre, Tanrı’nın buyruklarına, bize haklı veya akla uygun göründükleri için değil ama sadece ve sadece Tanrı’nın buyrukları olduğu için itaat etmek gerekmektedir. Ancak şimdi de Tanrı’nın buyruklarının ne olduğunu insanın nasıl bileceği sorunu vardır. Bu bağlamda Luther’in Tanrı’ya iki yönlü bir nitelik atfettiğini görmekteyiz. Luther’e göre Tanrı, bir yönüyle, kendisini “kelam”la açığa vurmayı seçmiş olan bir varlıktır. Tanrı’nın ikinci yönü ise, gizli tanrısal varlık olarak karşımıza çıkmaktadır. Gizli Tanrı’nın iradesi, her alanda vardır, dünya üzerinde olup biten her şeyi düzenlemekte, yönetmekte ve bu anlamda da tüm-erkli bir nitelik taşımaktadır. Bu gizli Tanrı, insanın anlama yetisinin dışında kalmaktadır. Dolayısıyla, Tanrı’nın bu gizli yönünden ancak korkulur ve bu yönüyle Tanrı’ya korkuyla karışık bir saygı içinde tapınılır.
Luther, Tanrı’nın kulları arasında bir ön ayrım yaptığını ve kimi kurtuluşa erdireceğini, kimi ise düzelmez bir biçimde lanetlediğini bildiğini kabul etmektedir. Bir bakıma Tanrı’nın seçilmiş kulları ile Tanrı’nın lanetlenmiş kulları olarak ifade edilebilecek bu ayrım, Luther’i başlangıçta umutsuzluğa ve ruhsal gerilimlere sürüklemiştir. Hangi insanın Tanrı tarafından sonsuza dek lanetlenmiş olduğu, bu önbilginin sadece insanın kavrama yetisini aşan “gizli Tanrı”da bulunması yüzünden belli değildi. Ancak Luther, sonradan korkulu bir saygı ile tapınıldığını belirttiği Tanrı’nın bu ikinci yönüne “iman” etmekle kurtuluşun mümkün olduğunu, çünkü Tanrı’nın iradesinin günahkarı cezalandırmaktan çok kendisine iman edenleri kurtarmak olduğunu fark etmişti. Dolayısıyla, Luther’e göre insanın kurtuluşu, sadece ve sadece imandan geçiyordu. Buna uygun olarak Luther, günahkar bir varlık olarak insanın amacının imana kavuşmak olduğuna inanmaktaydı. (Sabine, 1969).
Bundan sonra varılması beklenen sonuç, artık kolaylıkla tahmin edilebilir. Kilise, Tanrı ile insan arasında aracılık yaparak insanın kurtuluşu için gerekenleri belirleyen bir kurum olarak gereksizdir. Roma Kilisesi ve papa ile olan mücadeleleri sırasında belirginleşen görüşleriyle Luther, yerleşik bir kurum olarak Kilise’nin gereksizliğine inanmış, geliştirdiği teolojik ilkeleriyle de böyle bir aracı kurumun gereksizliğinin temellerini atmıştır. Hatta daha da ileri giderek, en büyük günah kaynaklarından birinin Katolik kilisesi ve papa olduğunu vurgulamıştır. Papa ve Kilise, Luther için, insanın imanla kurtuluşa erişmesinin önünde engeldir. İman, Luther için, sadece İsa aracılığıyla ulaşılabilecek bir şey olduğuna göre, Kilise’nin ve papanın bu imana erişmeyi engellemeleri, papayı İsa aleyhtarı yapmaktadır.
Bu görüşleri esas alındığında, Luther’in sadece Roma Kilisesi’ne değil, inanan insan ile Tanrı arasında aracılık yapmakla yükümlendirilmiş her türlü kuruma karşı çıktığı söylenebilir. Ancak Luther’in Kilise ile ilgili görüşlerinde başvurduğu bir ayrım, bu karşı çıkışı bulanıklaştırmaktadır. Bu da, gerçek kilise ile kurum olan kilise arasında bir ayrım yapmasından kaynaklanmaktadır. Sadece iman edenlerin dinsel birliği anlamında ve görünür bir kurum niteliği taşımayan bir gerçek kiliseden söz etmesi, Luther’in izleyicilerinin Roma Kilisesi’nden ayrı yeni bir örgütlenme kurmalarını engellemiş, belki aksine buna dayanarak yeni bir (Lutherci) kilise örgütlenmesinin temel gerekçesi olmuştur: Gerçek kilise, Katolik Roma Kilisesi değil, Protestan Lutherci Kilise’dir.
Ancak Luther ve izleyicilerinin geliştirmiş oldukları “Lutherci Kilise” bir yana, Roma Kilisesi’ne karşı çıkmış, Luther’in siyasal iktidar sorununa bakışının nasıl olduğu sorusunu da akla getirmektedir. Luther’in Kilise’nin hiçbir biçimde güç sahibi olamayacağını kabul etmesi, mantıksal sonuçları bakımından, Kilise’nin ruhani alanda olduğu kadar, dünyevi alanda da sahip olduğu ya da sahip olduğunu ileri sürdüğü her türlü gücünü yadsımak anlamını taşımaktadır.
