İzmir`de, 8 Nisan 2005`te gözaltına alınmış, gözaltında bulunduğu süre boyunca kendisine sunulan belgeleri imzalamayı kabul etmemiştir. 10 nisan günü Tokat`taki askeri birliğe gönderilmiş, ancak burada da savaş karşıtı düşünceleri doğrultusunda askeri giysi giymeyi ve kendisine verilen emirlere uymayı reddetmiş, bunun sonucunda da "Hizmetten tamamen sıyrılmak veya toplu erat önünde Emre İtaatsizlikte Israr" (TACK 88. madde) suçlamasıyla Sivas Askeri Cezaevine gönderilmiştir. 9 Haziran 2005 tarihinde tahliye edilen Tarhan, tutuklu olarak Tokat`taki birliğe götürülmüştür. Burada reddini tekrarlayan Tarhan tekrar tutuklanmış ve Sivas Askeri Cezaevi`ne gönderilmiştir. Hakkında aynı maddeden açılan iki dava dosyaları birleştirilmiş ve 10 Ağustos 2005`te iki kez 2 yıl (toplam 4 yıl) hapis cezasına çarptırılmıştır. Kasım ayında kararı bozan Askeri Yargıtay, eşcinsel olan Tarhan`a zorla fiziksel muayene yapılmamış olmasını gerekçe göstermiştir. 15 Aralık 2005 tarihinde yerel mahkeme kararında direnmiş, gerekçeli kararında zorla muayenenin insan hakları ihlali olacağı, kişinin salt eşcinsel olmasının da ordudan atılması için yeterli olmayacağı yönünde görüş bildirmiştir.
Cezaevinde kaldığı süre içerisinde fiziksel ve psikolojik şiddete maruz kalan Tarhan, gerek Türkiye içinden, gerekse uluslararası savaş karşıtları ve insan hakları örgütlerinden gelen kamuoyu desteğinin de etkisiyle 9 Mart 2006 tarihinde Askeri Yargıtay Daireler Genel Kurulu kararı uyarınca tahliye edilmiştir. Mehmet Tarhan halen askerlik hizmetini reddetmeye, yetkililer ise bu hakkı tanımamaya devam etmektedir. Bu hak tanınıcaya dek Tarhan "kaçak", "firari" olarak nitelenecektir. Ancak Tarhan Antimilitarist hareket ve LGBTT (Lezbiyen, Gey, Biseksüel, Travesti, Transseksüel) Hareketi`nde aktif olarak çalışmaya devam etmektedir. }