Mihalis Yannakakis (Yunanca: Μιχάλης Γιαννακάκης; doğum:13 Eylul 1953, Atina, Yunanistan) Columbia Üniversitesi'nin bilgisayar bilim bölümünün profesörudur. Yannakakis complexity, databases ve başka bilgisayar bilim konularında önemli katkılar yapmış. Yannakakis 2005 yılında Donald E. Knuth Ödülünü almıştır.