17 Ocak 1890 yılında vefat edince cenazesi Süleymaniye Camii haziresine defnedildi.
Mustafa Nuri Paşa, Neta’ic ül-Vuku’at adlı dört ciltlik Osmanlı tarihi ile tanınır. Zamanındaki tarihlerin en kıymetlilerinden kabul edilen eserinin muhtelif tarihlerde baskıları yapılmıştır.