İran'da kurulan Sasani Devleti ve Anadolu'yu elinde bulunduran Bizans arasındaki mücadelelerde iki taraf arasında sık sık el değiştiren Nahçıvan, Halife Hz. Osman zamanında Halil bin Maslama tarafından fethedildi. Fethi müteakip Arap valiler bu bölgeyi başlıca askeri merkezlerden biri haline getirdiler. Bölge, İslam Devleti tarafından Bizans'a karşı üs olarak kullanılıyordu.
Bu ilk valilerden sonra çeşitli Arap hanedanlarının idaresinde kalan Nahçıvan, Türklerin Orta Asya'dan Anadolu'ya yönelişlerinde de önemli bir geçiş koridoru vazifesi yapmıştır. 11. yüzyılda Selçuklular tarafından fethedilen bu bölge, Azerbaycan ile birlikte bir süre Selçuklu şehzadeleri ve daha sonra da Selçuklu valileri tarafından idare edildi. Nahçıvan'da 1136-1225 yılları arasında İldenizli Atabeğler (İldenizliler, İldeniz Oğulları, Azerbaycan Atabeğleri) hüküm sürmüşlerdir. Şehir, Atabeğler yönetimi sırasında ekonomik ve sosyal hayat bakımından oldukça önemli bir merkez haline gelmiştir.
Daha sonra Nahçıvan ve civarı Harezmşahların eline geçti ve kısa bir süre onlar tarafından idare edildi. Daha sonra bölge, bütün Azerbaycan gibi Moğol istilasına uğradı ve Moğollardan Hülagu Han tarafından kurulan İlhanlılar Devleti yıkılıncaya kadar da bu devletin en önemli merkezlerinden biri haline geldi.Daha sonra Nahçıvan ve civarının, Azerbaycan'ın pek çok bölgesi ile birlikte ve sırasıyla Kara Koyunlular, Timurlular, Ak Koyunlular, Safeviler ve Osmanlılar eline geçtiğini ve dolayısıyla yörenin, Selçuklu fethinden itibaren Türk dünyasının önemli beldelerinden biri haline geldiğini görmekteyiz.
Gerçekten de, şehir ve civarı, iki yüzyılı aşkın bir süre Osmanlılarla Safeviler arasında devamlı bir mücadele sahası olan Azerbaycan da, bu mücadelelerden en fazla etkilenen bölge oldu. Zaman zaman bu yüzden çok yıprandı. Zaman zaman da her iki taraftan ciddi sayılabilecek bayındırlıklara ve refaha kavuşturuldu.
Osmanlı-Safevi mücadeleleri boyunca sürekli el değiştiren Azerbaycan'da, 1747 yılında Nadir Şah-ı Afşar'ın öldürülmesinden sonra başlayan kargaşalıktan yararlanan Azerbaycan hanlıkları bağımsızlıklarını ilan ettiler. İşte bu sırada, Nahçıvan civarının en güçlü teşekküllerinden olan Kengerli Oymağı'nın reisi Haydar Kulu Han, diğer yerli beylerin de desteğini alarak, Şah'ın şehirdeki naibi Ağa Han'ı kovup, bölgede kendi hanlığını ilan etti. Hanlığın toprakları Nahçıvan şehri ile Şerur, Ordubad, Megri, Gafan ve Culfa nahiyelerini içine almaktaydı.
Hanlığını mamur ve halkını müreffeh kılmak isteyen Haydar Kulu Han, hanlığının sınırları içinde ticaret ve ziraatin gelişmesi için bir hayli uğraştı. Ancak askeri bakımdan oldukça zayıftı. Bu yüzden hanlık bir müddet Karabağlı Penah Han'ın hakimiyetini kabullenmek zorunda kalmıştı. Bu cümleden olarak Penah Han'ın 1752 yılında Şekili Hacı Çelebi Han'a karşı, kendi kuvvetleriyle birlikte Gence Hanlığı ve Gürcü Krallığının kuvvetlerini de yanına alarak oluşturduğu ittifaka Nahçıvan Hanlığı'nın da katıldığını görüyoruz.
Günümüzde Nahçıvan
Nahçıvan bugün Azerbaycan Cumhuriyeti'ne bağlı bir Özerk Cumhuriyet statüsündedir. Moskova ve Kars Andlaşmaları ile özerkliği kabul edilen Nahçıvan'ın "Özerk Cumhuriyet" olarak teşkili ise 1924 yılında gerçekleştirildi. Yani, sözkonusu tarihte Anayasa'sı hazırlanarak Özerklik Statüsü'nün yapısı ve işleyişi belirlendi. Nahçıvan 1991 yılına kadar Azerbaycan Sovyet Sosyalist Cumhuriyeti'ne bağlı olarak Sovyetler Birliği'nin bünyesinde kaldı. Azerbaycan'ın 1991 yılında bağımsızlığını ilan etmesi ile Nahçıvan da bağımsızlığına kavuştu.Şu anda Nahçıvan Özerk Cumhuriyeti'ni yöneten en yüksek yasal organ "Nahçıvan Ali Meclisi"dir. Ali Meclis, halk tarafından seçilen 70 milletvekilinden oluşmaktadır. Ali Meclis Sadrı (Başkanı)'nı da milletvekilleri seçmektedir. Yine bu Ali Meclis, Nahçıvan Hükümeti'ni yani "Nazır'lar Kabineti"ni (Bakanlar Kurulu'nu) de seçimle teşkil etmektedir. Hükümet şu bakanlıklardan oluşmaktadır: Tehsil Nazırlığı (Eğitim Bakanlığı), Kend Teserrufatı Nazırlığı (Tarım ve Köyişleri Bakanlığı), Gençler ve İdman Nazırlığı (Gençlik ve Spor Bakanlığı), Medeniyet Nazırlığı (Kültür Bakanlığı), Su Teserrüfatı Nazırlığı (Su İşleri Bakanlığı), Maliye Nazırlığı, Dahili İşler Nazırlığı, Milli Tehlikesizlik Nazırlığı (Milli Güvenlik Bakanlığı), Özerk Cumhuriyet'te bazı nazırlıklar yerine komiteler vardır. Mesela: Statistik Komitesi, Emlak Komitesi, Toprak Komitesi gibi.
Özerk Cumhuriyet'in mülki idare yapısı ilçeler (rayonlar) esasına göre düzenlenmiştir. Başlıca ilçeleri şunlardır: Nahçıvan Merkez rayonu, Ordubad rayonu, Çulfa rayonu, Şahbuz rayonu, Bebek rayonu, Sederek rayonu.Özerk Cumhuriyet'in nüfusu, yukarıda ifade edildiği üzere 400.000 civarında olup, başşehrin nüfusu da 70.000 kadardır. Nahçıvan Özerk Cumhuriyeti topraklarının önemli bir kısma Iğdır Ovası'nın uzantısı mahiyetindedir. Ülke toprakları her taraftan dağlarla çevrilmiş durumdadır. Nahçıvan ile Ermenistan arasında Küçük Kafkasya dağ silsilesi yer almaktadır. Bölgedeki tipik kara iklimi Nahçıvan'da da hüküm sürmektedir. Yazlar sıcak (35°-45°) ve kurak, kışlar ise soğuk (-30°/-35°) geçmektedir. Nahçıvan'ın en önemli akarsuları ise Aras Nehri, Arpaçay, Elince Çayı ve Gilan Çayı'dır.
Sanayi pek gelişmemiştir. Elektroteknik, şişe-cam, aliminyum mutfak eşyası yapımı, şarap fabrikaları ve benzeri bazı küçük sanayi kuruluşları vardır.Nahçıvan'ın toprakları şifalı sular ve özellikle maden suları bakımından çok zengin olup, bunlar belli ölçüde değerlendirilmektedir. Babek rayonunda tuz yatakları, Ordubad rayonunda da bir miktar demir cevheri bulunmaktadır.
Nahçıvan, ekonomik bakımdan çok geri kalmış bulunmaktadır. Bağlı bulunduğu Azerbaycan ile sınırının bulunmayışı ve özellikle Ermenistan ile çok uzun ve kapalı sınırlara sahip bulunuşu İran ile ekonomik ve ticari münasebetlerinin azlığı, ülkeyi kapalı ekonomik şartların hüküm sürdüğü bir konumda bırakmıştır. Ekonomik ve ticari ilişkilerinin en iyi olduğu ülke Türkiye'dir. Günlük ticari ilişkiler genellikle Iğdır ilimizle gerçekleştirilmektedir.
Nahçıvan Özerk cumhuriyetinde eğitim hizmetleri oldukça gelişmiştir. Yeterli miktarda ilk ve orta dereceli okuldan başka, çeşitli meslek elemanları yetiştiren bir adet orta dereceli okul ile bir "Devlet Üniversitesi" ve üç de özel üniversite bulunmaktadır. Ayrıca ilim merkezi (Bilim Kurumu) olarak adlandırılan bir tür ilimler akademisi de mevcut olup, burada bilim adamları, kendi alanları ile ilgili bilimsel çalışmalar yapmaktadırlar.