Proteinler
Proteinler hücrenin en önemli organik maddelerinden birisidir. Proteinler canlılık olaylarının sürebilmesi için kesinlikle gerekli olan bileşiklerdir. Proteinlerin yapıtaşları amino asitlerdir. Her amino asitinde ortak olan özellik şudur. Bunlarda terminal bir amino grubu ve bir karboksil grubu ile birlikte C atomuna bağlı bir yan zincir bulunur. Amino asitler aynı anda hem amino grubu hem de karboksil grubu taşıdıklarından amfoter karakter gösterirler. Amino asitler birbirleri ile önce gelen amino asitin karboksil grubu sonra gelen amino asitin amino grubuna bir molekül su çıkacak şekilde bağlanır. Bu bağa peptid bağı denir.Proteinlerin özellikleri içerdikleri amino asitlerinin sayısına, çeşidine ve amino asitlerin polipeptid zinciri üzerindeki sıralanışlarına bağlıdır. Amino asitlerin sıralanışlarındaki farklar nedeni ile her canlı organizma türü için özel olan protein tipleri vardır, birininki diğerine uymaz. Bu nedenle gerektiğinde bir türden diğer türe aktarılışlarında güçlükler çıkabilir. Örneğin, kan alış verişi sırasında hastaya verilen kan uygun olmadığında şok ve ölüme, bazı bitkilerin polenleri solunum yolu ile alındığında alerjiye neden olabilirler. Bazen amino asitlerin sıralanışlarında bir amino asitin yer değiştirmiş olması ciddi bir hastalığa neden olur.
Lipitler (Yağlar)
Lipitler suda erimeyen buna karşın eter, benzen, kloroform gibi organik çözgenlerde eriyen bir dizi heterojen organik bileşiklerdir. Sitoloji bakımından lipidler hücrede serbest lipitler hücrede serbest lipit ve örtülü lipit olmak üzere iki türlüdür. Organizmada lipidlerin oynadığı rol bulundukları yer ve dağılışlarına göre değişiktir. Kimyasal ve fiziksel özelliklerine göre lipitler, basit lipitler, bileşik lipitler, streoitler ve yağda eriyen vitaminler gibi çeşitli alt gruplara ayrılırlar.Karbonhidratlar
Karbonhidratlar 1:2:1 oranında C.H.O den oluşan organik bileşiklerdir. Hayvan ve bitki hücrelerinin büyük çoğunluğunda hücre çeperi yapısına katılır ve destek ödevi görürler. Bazı karbonhidratlar nükleik asitlerin yapı birimlerini oluştururlar. Karbonhidratlar molekül yapılarına göre monosakkaritler, disakkaritler ve polisakkaritler olmak üzere üç gruba ayrılırlar.Nükleik Asitler
Nükleik asitler hücrenin en önemli organik bileşikleridir. Nükleik asitlere bu ismin verilmesinin nedeni su içindeki suspansiyonlarının asit reaksiyon vermesindendir. Nükleik asitler bütün canlılarda deoksiribonükleik asit (DNA) ve ribonükleik asit (RNA) biçiminde bulunurlar.Ökaryotik hücrelerde DNA başlıca nükleusta bulunur. Stoplazmada ise DNA az miktarda mitokondri ve kloroplast içinde bulunur. RNA hücrede hem nukleus hem de stoplazmada bulunur. Stoplazmada ribozom yapısının büyük bir kısmını oluşturur, ayrıca mitokondri ve kloroplastta da RNA vardır.