Dokuz çocuklu bir ailede büyüyen Rafter, 1991`de profesyonelliğe adım attı. 1994`te ilk ATP birinciliğini Manchester`da kazandı. Bu zafer, 1997`ye kadar profesyonel turda (ATP) elde ettiği tek zafer olarak kaldı.
1997 yılı Rafter`ın kariyerindeki dönüm yılı oldu. Servis-vole oyununun en iyi uygulayıcılarından olan Avutralyalı, Fransa Açık`ta yarı finale yükseldi. Eylül ayında ise eski şampiyon Andre Agassi ve son finalist Michael Chang`i yenerek çıktığı Amerika Açık finalinde İngiliz Greg Rusedski`yi devirdi.
1998`de ilk grand slam şampiyonluğunu yaşadığı Amerika Açık`ta zaferini tekrar etti. Bu kez finalde vatandaşı Mark Philippoussis`i deviren Rafter, turnuva öncesinde Kanada Açık ve Cincinnati`deki Master Serisi turnuvasında da mutlu sona ulaşarak, Amerika sert kort sezonunun tek hakimi oldu.
Temmuz 1999`da Rafter, klasmanda bir numaraya yükseldi. 4 hafta bir numarada kalan Rafter, bir sonraki yıl Wimbledon`da finale çıktığında dünya klasmanında 52. sıraya kadar düşmüştü. Wimbledon 2000 yarı finalinde Andre Agassi`yle müthiş bir maç oynayan Avustralyalı oyuncu, rakibini 7-5, 4-6, 7-5, 4-6, 6-3`le devirdi. Ancak finalde yedinci Wimbledon şampiyonluğu için korta çıkan Pete Sampras`a engel olamadı.
2001 yılında Rafter, Wimbledon`da yine finale yükseldi. Yarı finalde Agassi`yle yaptığı rövanş maçında bu kez son seti 8-6`yla kazandı. Tarihe geçen final maçında ise Goran Ivanisevic`e 6-3, 3-6, 6-3, 2-6, 9-7`lik setlerle boyun eğdi.
Rafter, iki kez Davis Kupası`nda final oynayan Avustralya`nın kadrosunda yer aldı. Ancak 2000`de İspanya, 2001`de Fransa karşısında zafer sevinci yaşayamadı.
2002 sonunda kariyerini noktalayan Patrick Rafter, "Yılın Avustralyalısı" ödülüne layık görüldü. Rafter, 2006`da Tennis Hall Of Fame`e seçilerek ölümsüzleşti.