Trabzon Yomra Fen Lisesi (TYFL) 21 Şubat 1989 yılında kuruldu. Kurulduğunda adı Trabzon Fen Lisesi idi.
Trabzon `da eğitim ve öğretime açılması planlanan Trabzon Fen Lisesi, Trabzon Belediye sınırları içerisinde kendisine tahsis edilecek bina bulunamadığından Yomra ilçesinde, Yomra Lisesi için Milli Eğitim Bakanlığı`nca yaptırılan ve inşaatı bitmiş olan lise binası, Trabzon Valiliği Milli Eğitim Müdürlüğü`nce Trabzon Fen Lisesi`ne tahsis edildi.
1990 yılında Lise Yomra ilçesinde olması nedeniyle Trabzon Fen Lisesi`nin isminin Trabzon Yomra Fen Lisesi olarak değiştirilmesi teklifi, Milli Eğitim Bakanlığınca uygun görülerek lisenin adı Trabzon Yomra Fen Lisesi olarak değiştirildi.
1989-1990 eğitim-öğretim yılında açılan liseye 96 öğrenci kaydını yaptırmış ve 4 (dört) sınıf teşekkül ettirilmiştir. Öğrencilerin barınma ve diğer sosyal ihtiyaçları, okul bünyesinde yapılan tadilatla karşılanmaya çalışılmış, 1990-1991 eğitim-öğretim yılında öğrenci pansiyonun da hizmete açılmasıyla öğrencilerin bu ihtiyaçları büyük ölçüde giderildi. 1998 yılında ilave hizmet ve pansiyon binasının yapımına başlanmış ve bu bina da 2001-2002 eğitim- öğretim yılının ikinci döneminde hizmet vermeye başlamıştır.
Necmettin Ali BULUTOÄLU Affan Kitapçıoğlu Lisesi Baş Müdür Yardımcı iken, TYFL`nin kurucu müdürü olmuştur. 2002-2003 Eğitim-Öğretim yılında emekliye ayrılmıştır. Okul, çok kısa süre içerisinde güçlü bir eğitim-öğretim kadrosu oluşturmuş,değerli öğretmenleri sayesinde elde ettiği başarılarla sadece Trabzon`un değil bütün Türkiye`nin gururu olmayı başarmıştır.
TYFL öğrencilerinden Murat KAYA 1996 Yılı ÖSS birincisi olarak sayısal,sözel ve eşit ağırlıklı puan dallarında TÜRKİYE ŞAMPİYONU olmuştur.
Halil GÖKOÄLU, Avrupa Genç Çevre Araştırmacıları Proje Yarışmasında Almanya`da 22 Kasım 1992 tarihinde MANSİYON kazanmıştır,
Yine TYFL öğrencilerinden Mustafa DİKEN ile Cenk BİLİCİ, Almanya`nın Leibzig kentinde 23 Kasım
1997 tarihinde yapılan proje yarışmasında JÜRİ ÖZEL ÖDÜLÜ` nü almışlardır. 1998-1999 eğitim-öğretim yılında Henry FORD Vakfı` nın düzenlediği proje yarışmasında TYFL öğrencilerinden Esra SİPAHİ ile Beray HACIAHMETOÄLU yüzlerce proje arasında seçilerek önce ilk 10 arasında yer almış, daha sonra da MANSİYON`a layık görülmüşlerdir.
Dilan ALTINTAŞ: 10-14 Mart 2004 tarihleri arasında düzenlenen Türkiye Küçük çap Ateşli silahlar şampiyonasında Genç şampiyonlar Türkiye 1. olmuştur.
Her dönem genel yayın yönetmenliğini Halim Aytekin ERGÜL`ün yaptığı İZ adlı bir Bilim Kültür Dergisi çıkarılmaktadır.
2004 ÖSS sınavında Çağrı SARIGÖZ sayısal puan TÜRKİYE 2. si olmuştur.