Zübeyde Hatun (ö. 1099, Rey), Büyük Selçuklu İmparatorluğu Sultanı Melikşah'ın eşi, Berkyaruk'un annesidir.
Babası Çağrı Bey'in oğlu Emir Yakuti'dir. Sultan Melikşah ile evlendi. Kocası Melikşah üzerinde etkiliydi. 1081 yılında Berkyaruk'u dünyaya getirdi. Oğlu Berkyaruk Selçuklu Sultanı olunca bir süre sonra kayınbiraderi Tacüddevle Tutuş isyan etti. Berkyaruk'un isyanı bastırıp amcasını öldürmesi üzerine annesini yanına getirmek istedi ancak veziri Müeyyidülmülk buna karşı çıktı. Zübeyde Hatun, Müeyyidülmülk'ün karşı çıktığını öğrenince Fahrülmülk'ün de kışkırtmalarıyla vezire kin beslemeye başladı. Bu durum neticesinde Müeyyidülmülk azledilerek yerine kardeşi Fahrülmülk vezirliğe getirildi. Vezirlikten azledilen Müeyyidülmülk'ün Zübeyde Hatun'a karşı intikam duyguları kabardı. Müeyyidülmülk'ün teşvikiyle isyan edip sultanlığını ilan edenMuhammed Tapar Müeyyidülmülk'ü vezirliğe getirdi. Muhammed Tapar, Rey şehrine geldiğinde Zübeyde Hatun'da oradaydı. Müeyyidülmülk Zübeyde Hatun'u önce hapsetti ardından da öldürttü.