1989’da Türkiye’ye dönerek Marmara Üniversitesi’nde görev alan Ömer Cebeci, bu üniversitede öğretim üyeliğinin yanısıra Mühendislik Fakültesi senatörlüğü, kurucu dekan yardımcılığı, Döner Sermaye İşletme Müdürlüğü, Metalurji ve Malzeme Mühendisliği Bölümü kurucu başkanlığı , Kalite Konseyi üyesi olarak performans yönetimi sorumluluğu ve Rektör Yardımcılığı gibi görevler üstlendi. Bu görevlerde gösterdiği başarılar nedeniyle 1998’de Marmara Üniversitesi Rektörlüğü Hizmet Ödülü’ne layık görüldü..
2003’te Marmara Üniversitesi’nin yanı sıra, TÜSSİDE’de Başuzman Araştırmacı olarak da görev yapmaya başlayan Ömer Cebeci’nin uzmanlık alanları arasında malzeme bilimi ve mühendisliğiyle birlikte, çimento ve beton teknolojisi, gözenekli katıların karakterizasyonu , toplam kalite ve performans yönetimi bulunuyor.
30’dan fazla bilimsel makale ve yayını ve bunlara yabancı bilim adamlarınca yapılmış yaklaşık 40 atıf bulunan Ömer Cebeci’nin ayrıca yönettiği yüksek lisans tezleri vardır. Bilim Kurulu üyeliğinin yanı sıra TÜBİTAK Başkan Yardımcılığı görevine başlayan Ömer Cebeci evli ve 3 çocuk babasıdır.