Eskiden Boğaziçinin iki yakasında yolcu taşıma birbirinden güzel kayıklarla yapılırdı. Osmanlı oymacılık sanatının ince örnekleriyle süslü piyade, pazar kayığı, iki çifte, üç çifte vs. adları taşıyan kayıkların ilk ve sonbaharda müşterileri çok olurdu. Gemiler sefere konunca zamanla kayıklar önemini kaybetti.
Şirket-i Hayriye 1850 yılında sermayesi, her biri üçer bin kuruş olan 2000 hisse senediyle kuruldu. Sultan Abdülmecid Hanın emriyle devlet ileri gelenleri, nazırlar, zenginler ve halk bu hisse senetlerini satın aldılar. Valide Sultanın 50, Abdülmecid Hanın 100 hisse aldığı, eserlerde kayıtlıdır. Kuruluşu bittikten sonra altı yıl süreyle Antuvan Kalaycıyan ve Agop Bilezikçiyan adındaki iki tüccara ihale edildi. Fakat bu süre tamamlanmadan 1854’te mukavele feshedilerek şirket adına çalıştırılmaya başlandı.
İngiltere’deki Robert White fabrikasına ısmarlanan altı vapur 1853 yılında geldi ve seferlere başladı. Bu vapurların tahmini maliyetleri sekiz bin altın civarındaydı. Yeni vapurlara; Rumeli, Trakya, Göksu, Beylerbeyi, Tophane, Beşiktaş adları verildi. Halkın bu vapurlara rağbeti neticesinde 1858 yılında İstinye, Mirgun, Anadolu, 1859 yılında Kandilli, Beykoz, Sudaver adı konan vapurlar satın alınarak hizmete kondu. Altmış beygir gücünde olan vapurların elektrik ve kaloriferi yoktu. Kamaralarda soba yakılarak ısıtılırdı.
Şirket-i Hayriye vapurlarında öğrenci, memur ve siviller için ayrı ücret tarifeleri uygulanıyordu. Yedi yaşından küçük çocuklardan ücret alınmazdı. 1860 yılındaki Şirket-i Hayriye yolcu tarifesine göre İstanbul’dan Kandilli’ye hizmetçisiyle gidecek bir şahsın aylık ödeyeceği ücret 250 kuruştu. Uzak iskeleler için böyle iki kişinin ödediği aylık ücret ise 300 kuruştu.
Şirket, 1868’de İngiltere’den getirttiği bir arabalı vapurla Kabataş-Üsküdar arasında seferlere başladı. Çalışma sahasını gün geçtikçe genişleten Şirket-i Hayriye, İzmit’ten sonra 1904’te Tekirdağ’a da vapur işletmeye başladı. Cumhuriyet kurulduktan sonra da faaliyetine devam eden şirket, 19 Haziran 1944’te, üyelerini olağanüstü bir toplantıya çağırdı. Bu toplantıdan sonra, şirketin Ulaştırma Bakanlığına devri kararlaştırıldı. Alınan karar gereğince, 12 Mayıs 1944 tarihinden itibaren Ulaştırma Bakanlığına devredildi. Böylece 94 yıllık bir geçmişi olan Şirket-i Hayriye, fiilen 1 Temmuz 1944’ten itibaren Deniz Yolları İdaresine geçmiş oluyordu. Bu gemiler, uzun zaman deniz yollarında kullanıldıktan sonra, daha modernleriyle değiştirildi.