Türkçe Bilgi logo TürkçeBilgi

Deaminasyon

Kısaca: Deaminasyon bir molekülden bir amin grubunun çıkarılması. Bu reaksiyonu katalizleyen enzimler deaminaz olarak adlandırılır. ...devamı ☟

Deaminasyon bir molekülden bir amin grubunun çıkarılması. Bu reaksiyonu katalizleyen enzimler deaminaz olarak adlandırılır. İnsan vücudunda deaminasyon başlıca karaciğerde olur, ancak glutamat ayrıca böbrekler de deamine olur. Aşırı protein alındığında amino asitler deaminasyon yoluyla yıkıma uğrar. Amino asitten amino grubu çıkartıldıktan sonra amonyağa dönüşür. Amino asidin geriye kalanı başlıca karbon ve hidrojenden oluşur ve ya başka bir moleküle dönüştürülür veya enerji için oksitlenir. Amonyak aşırı miktarda hücrelere zehirli olduğu için üre döngüsü içinde enzimler ona karbondioksit ekleyerek onu üre veya ürik asite dönüştürürler. Üre ve ürik asit kana kolaylıkla geçip idrarla atılabilir. ==DNA'da deaminasyon reaksiyonlarıSitozin Spontan demainasyon, sitozin'in hidroliz yoluyla urasil'e dönüşmesi ve bu süreçte amonyak salmasıdır. DNA'da bu spontan (kendiliğinden olan) deaminasyon, meydana gelen urasil'in çıkartılması ile düzeltilir. Urasil normalde DNA'da bulunmayan bir baz olduğu için urasil-DNA glikosilaz enzimi tarafından çıkartılır. DNA zinciirnin o noktasındaki şeker grubunda bir baz takılı olmaması bir AP endonükleaz tarafından farkedilir, fosfodiester bağı orada kesilir. Meydana gelen hasar oraya bir diğer sitozin eklenmesiyle tamir edilir. A ailesi üyesi bir DNA polimeraz bu değişikliği yapar, bu işlem sırasında 3'-->5' eksonükleaz etkinliği ile DNA'da "çentik" olan yerden bir nükleotit çıkarır, sonra polimeraz etkinliği ile boşluğu gerekli olan nükleotit ile doldurur. DNA ligaz zincirdeki kopukluğu kapatmak için fosfodiester bağını yeniden oluşturur. Deaminasyon reaksiyonu laboratuvar ortamında bisülfit kullanılarak da meydana getirilebilir. Bisülfit sitozin'in deamine olmasını sağlar ama

5-metilsitozin

'e etki etmez. Bu özellikten yararlanılarak metillenmiş DNA'nın dizilemesinde metillenmemiş sitozin (urasil olarak belirir) ile metillenmiş sitozin (değişime uğramaz) ayırdedilebilir.

5-metilsitozin

5-metilsitozin

'in spontan deaminasyonu sonucu timin ve amonyak meydana gelir. Bu, en yaygın olan tek nükleotitli mutasyondur. DNA'da bu reaksiyon tamir edilemez çünkü tamir mekanizması timin bazını (urasil gibi) bir hata sonucu olmuş olarak algılayamaz. Eğer mutasyon bir genin fonksiyonunu etkileyip hücrenin (veya organizmanın) ölümüne yol açmazsa, varlığı devam eder. Tamir mekanizmasının bu yetersizliği, ökaryotik genomlarda CpG konumlarının ender olmasının nedenlerinden biridir.

Guanin

Guanin

'in deaminasyonu sonucu ksantin oluşur. Ksantin, guanin'in enol totomerine benzer şekilde, sitozin yerine timin ile baz eşleşmesi yapar. Bunun sonucu, ikileşme sonrası br transisyon mutasyonudur, orijinal G-C baz çifti bir A-T baz çiftine dönüşür. Bu mutasyonun düzeltilmesi için baz çıkarma tamiri (baz eksizyon tamiri) sırasında bir alkiladenin glikosilaz enziminin katılımı gerekir.

Adenin

Adenin

'in deaminasyonu sonucu hipoksantin oluşur. Hipoksantin, adenin'in imin totomerine benzer şekilde timin yerine sitozin ile baz eşleşmesi yapar. Bunun sonucu, ikileşme sonrası br transisyon mutasyonudur, orijinal A-T baz çifti bir G-C baz çiftine dönüşür

Bu işlemi yapan diğer enzimler

RNA biçimleme (RNA editing) enzimleri bazı mesajcı RNA moleküllerindeki spesifik bazları deamine ederek protein kodlayıcı dizilerini değiştirirler. Örneğin APOBEC geninin ürünü enzim, apolipoprotein B'nin mRNA'sında belli bir sitozin'i urasil'e dönüştürür. ADAR geni tarafında kodlanan Adenozin deaminaz, RNA-spesifik enzimi, çift iplikli RNA moleküllerinde adenozinleri inosin'e dönüştürür. Bazı tRNA moleküllerinde antikodon bölgesindeki bir

Adenin

inosin'e dönüştürülür.

Kaynaklar

Vikipedi

Bu konuda henüz görüş yok.
Görüş/mesaj gerekli.
Markdown kullanılabilir.

Üre Döngüsü
3 yıl önce

mitokondri matrikslerinde gerçekleşen bu evrede ilk olarak oksidatif deaminasyon sonucu oluşmuş olan amonyak,aktif karbondioksit ve 2 adet ATP molekülüne...

Üre Döngüsü, ATP, Amonyak, Üre, Fumarat
Sitozin
3 yıl önce

ile baz çifti oluşturmuş şekilde bulunur ancak özünde kararsızdır ve deaminasyon yoluyla urasile dönüşebilir. Bu durum, urasil glikosilaz gibi DNA'daki...

Sitozin, Adenozin difosfat, Adenozin trifosfat, DNA, Enzim, Guanin, Hidrojen bağı, Pirimidin, RNA, Urasil, Deaminasyon
5-metilsitozin
7 yıl önce

omurgalılarda CpG sitozinlerinin %70,80'i metillenir. Sitozinin spontan deaminasyonu sonucu urasil meydana getirir, bu urasil DNA tamir enzimleri tarafından...
Nükleozit trifosfat
3 yıl önce

olarak, sitozinin deaminasyonu sonucu urasil meydana gelir, buna karşın (ökaryotlarda) sıkça görülen 5-metilsitozinin deaminasyonu sonucu timin meydana...
Nükleobaz
3 yıl önce

mutagen etkisiyle meydana gelen pek çok bazdan ikidisir, her ikisi de deaminasyon (bir amin grubunun hidroksil grubu ile değişmesi) ürünleridir. Hipoksantin...
Çevrim sonrası değişim
3 yıl önce

ubikuitinleşme, ubikuitin proteininin kovalent bağlanması. sitrulinleşme, veya deaminasyon, argininin sitrüline dönüşümü. deamidasyon, glutaminin glutamik aside...
Mutasyon
3 yıl önce

anlamda bir nükleotitin kimyasal bozulumu (örneğin sitozinin oksidatif deaminasyonu sonucu kendiliğinden urasil meydana gelmesi) veya tünel etkisi (DNA'daki...

Mutasyon, DNA, Enzim, Gen, Genetik, Nükleotid, Protein, Radyasyon, İlaç, Sentez, Madde taslağı
DNA onarımı
7 yıl önce

görev alan enzim DNA glikozilazdır. Spontan veya kimyasallarla olan deaminasyon veya iyonize radyasyon ve oksidatif hasar sonucu oluşan baz değişikliklerine...