1960`ların başlarında Fransa`da eğitim görmüş Marksistlerin yönetiminde Prens Norodom Sihanouk`a karşı bir ayaklannmaya katılan komünistler, 1967`de bir köylü isyanında, 1968`de ise hızla yayılan bir kabile ayaklanmasında yer aldılar.Mart 1970`te Prens Sihanouk`u deviren General Lon Nol liderliğindeki sağcı darbeyle Kmer Cumhuriyeti kuruldu.Kızıl Kmerler Sihanouk`a sadık kalan bazı komutanlarla ittifak kurdular.Darbeden kısa bir süre sonra ABD ve Güney Vietnam birliklerinin ülkeyi işgal etmeleriyle Kamboçya Vietnam Savaşı`nın taraflarından biri durumuna geldi. Yeni rejimin baskıcı önlemlerinden kaçan Kamboçyalı Vietnamlılar ile özerk bir cumhuriyet kurmaya çalışan Müslüman azınlıktan yaklaşık 2 bin kişi de onlara katıldı.O sırada Kuzey Vietnam`ın başkenti Hanoi`ye götürülerek komünistlerce eğitilen başka bir Kamboçyalı grup da ülkeye dönerek Kmer Viet-Minh adıyla ortaya çıktı.
General Lon Nol yönetimi ABD`den gördüğü askeri ve mali desteğe karşın Kızıl Kmerlere karşı başarılı olamadı.Yaklaşık beş yıl süren iç savaş boyunca Khieu Samphan, Hou You ve Hu Nim önerliğindeki Kızıl Kmerler hükümet birliklerine karşı yürüttüğü silahlı mücadeleyle Kamboçya`nın kırsal kesimlerinin tümünde iktidarlarını pekiştirdiler.Sonunda Nisan 1975`te başkent Phnom Penh`e başarılı bir saldırı düzenleyerek ele geçiridler.Ardından Demokratik Kamboçya hükümetini kurdular.
Mart 1976`da Khieu Samphan devlet başkanı, Pol Pot başbakan oldu.1977`de ise Çin çizgisindeki Komünist Parti resmen devlet partisi olarak tanındı.20. yüzyılın en kanlı rejimlerinden bir kabul edilen Kızıl Kmer iktidarı, bütün dünyada hiçbir Marksist yönetimin başvurmadığı kadar aşırı bir şiddet uygulamasına girişti.Ülkedeki meslek sahiplerinin ve teknik elemanların hemen hepsi yok edildi.Kentlerde yaşayan milyonlarca kişi zorla köylere yerleştirilerek, kolektif çiftliklerde çalışmaya zorlandı.Rejim düşmanı ilan edilenler aileleriyle beraber toplu olarak katledildi.Bu dönemde ekonomik sistemin felce uğraması nedeniyle baş gösteren açlık ve salgın hastalıklar sonucu ölenlerin sayısının, siyasi nedenlerle öldürülenlerle birlikte yaklaşık 1.5 milyon olduğu tahmin edilmektedir.
Kızıl Kmer iktidarı sırasında Kamboçya ve Vietnam arasında yoğunlaşan sınır sorunları Aralık 1977`de iki ülke arasındaki ilişkilerin tamamen kopmasına yol açtı.Pol Pot`un Çin Halk Cumjuriyeti`ne yakınlaşması Vietnam saldırılarını yoğunlaştırdı.
Ocak 1979`da ülkeyi işgal eden Vietnam birlikleri ve Vietnam yanlısı Kamboçyalı komünistler (Ulusal Kurtuluş İçin Kamboçya Birleşik Cephesi) Kızıl Kmer yönetimine son verdiler ve Vietnam`ın teknik ve mali desteğine dayanan bir hükümet kuruldu.Kızıl Kmer rejiminin çökmesinden sonra Çin`e kaçan Pol Pot ve Khieu Samphan yönetiminde, Kamboçya`nın ücra köşelerine çekilen Kızıl Kmerler, bu kez Tayland sınırı yakınlarındaki üslerinden ve Çin`den destek alarak yeniden gerilla savaşı başlattılar.1982`de Vietnam destekli merkezi hükümete karşı çıkan ve komünist olmayan iki başka Kmer grubuyla, Prens Sihanouk`un fahri önderliği altında gevşek bir koalisyon oluşturdular ve zamanla bu koalisyonun en güçlü tarafı durumuna geldiler.1990`da Vietnam birliklerinin Kamboçya`dan çekilmesinden sonra, iç savaşı sonlandırmak üzere Kızıl Kmerlerle ile savaşın öteki tarafları arasında varılan antlaşma 1992`de Paris`te imzalandı.Ama Kızıl Kmerler antlaşmanın uygulanmasının konusunda güçlük çıkarmayı sürdürdüler.
1990`larda büyük kopuşlara rağmen özellikle Tayland sınırında gerilla savaşına devam ettiler.Kızıl Kmerler, 1998`de liderleri Pol Pot`un ölümünden sonra tamamen çözüldüler.Pol Pot`un ardılı Khieu Samphan`ın teslim olmasından (Aralık 1998) sonra 1999`a kadar pekçok üyesi ya yakalandı ya da teslim oldu.
