Türkçe Bilgi logo TürkçeBilgi

Scop

Structural Classification of Proteins (SCOP, Türkçe ``Proteinlerin Yapısal Sınıflandırması``) veritabanı, protein yapısal bölgelerinin amino asit dizleri ve üç boyutlu yapılarına dayanarak protein yapısal bölgelerinin (``domain``) elle yapılmış bir sınıflandırmasıdır. İlk 1995`de yayımlanmış olan bu veritabanı en az yılda bir yenilenmektedir.cite journal | author = Murzin AG, Brenner SE, Hubbard T, Chothia C | title = SCOP: a structural classification of proteins database for the investigation of sequences and structures | journal = J. Mol. Biol. | volume = 247 | issue = 4 | pages = 536-40 | year = 1995 | pmid = 7723011 | doi = 10.1006/jmbi.1995.0159 | issn = cite journal | author = Lo Conte L, Brenner SE, Hubbard TJ, Chothia C, Murzin AG | title = SCOP database in 2002: refinements accommodate structural genomics | journal = Nucleic Acids Res. | volume = 30 | issue = 1 | pages = 264-7 | year = 2002 | pmid = 11752311 | doi = 10.1093/nar/30.1.264 | issn = cite journal | author = Andreeva A, Howorth D, Brenner SE, Hubbard TJ, Chothia C, Murzin AG | title = SCOP database in 2004: refinements integrate structure and sequence family data | journal = Nucleic Acids Res. | volume = 32 | issue = Database issue | pages = D226-9 | year = 2004 | pmid = 14681400 | doi = 10.1093/nar/gkh039 | issn =

Hiyerarşik yapısı

SCOP sınıflandırma için dört hiyerarşik sınıflandırma seviyesi kullanır:
  1. Sınıf - bölgenin genel yapısal mimarisi.
  2. Katlama - düzgün ikincil yapıların benzerliği, ama evrimsel akrabalık belirtisi yok.
  3. Süperaile - Yapısal ve işlevsel benzerliklerden ıraklaşmış (ing. ``divergent``) evrimsel ilişki çıkarımı yapılabiliyor ama görünür bir dizi homolojisi yok
  4. Aile - dizi benzerliği algılanabiliyor.


Yapısal sınıflar

Aşağıdaki yapısal sınıflar SCOP`a dahildir:

  1. α-helical bölgeler
  2. β-sheet bölgeler
  3. α/β domains Başlıca paralel &beta yapraklar meydana getiren "beta-alpha-beta" yapısal birimlerden oluşmuş proteinler
  4. α+β domains birbirinden bağımsız α-sarmal ve antiparalel β-yapraklardan oluşmuş
  5. çoklu bölgeli proteinler
  6. membran ve hücre yüzeyi proteinleri ve peptitleri (immün sistemle ilişkili olanlar hariç)
  7. "küçük" proteinler
  8. burgulu burgu (``coiled-coil``) proteinler
  9. düşük çözünürlüklü protein yapıları
  10. peptidler and parçaları
  11. suni dizili tasarlanmış proteinler


Kaynakça

Reflist

Linkler



Kaynaklar

Vikipedi

scop

İngilizce scop kelimesinin İspanyolca karşılığı.
s. Poeta, poeta - cantante (en el pasado, en Inglaterra)

scop

İngilizce scop kelimesinin Fransızca karşılığı.
n. poète, poète-chanteur (en Angleterre, il y a longtemps)

scop

İngilizce scop kelimesinin Almanca karşılığı.
n. Dichter und Sänger (im altertümlichen England)

scop

İngilizce scop kelimesinin İtalyanca karşılığı.
s. (Stor) bardo, poeta cantore

scop

İngilizce scop kelimesinin Portekizce karşılığı.
s. poeta, trovador (na Inglaterra, no passado)

scop

İngilizce scop kelimesinin Flemenkçe karşılığı.
zn. dichter, dichter-zanger (in Engeland, vroeger)

scop

n. Old English poet or bard (Archaic)

İlgili konular

digital object identifier hücre zarı i̇mmun sistem î‘/î² proteinleri tüm-î² proteins tüm-î± proteins î‘+î² proteinleri burgulu burgu

Bu konuda henüz görüş yok.
Görüş/mesaj gerekli.
Markdown kullanılabilir.

Scop
3 yıl önce

Structural Classification of Proteins (SCOP, Türkçe Proteinlerin Yapısal Sınıflandırması) veritabanı, protein yapısal bölgelerinin amino asit dizleri ve...

SCOP, Digital object identifier, Hücre zarı, İmmün sistem, Α/β proteinleri, Tüm-β proteins, Tüm-α proteins, Α+β proteinleri, Burgulu burgu
Türkiye biteyi, Tiliaceae
7 yıl önce

Tilia cordata Mill. Küçük yapraklı ıhlamur : İstanbul Tilia platyphyllos Scop. Büyük yapraklı ıhlamur : Çanakkale, Isparta, Rize, Trabzon Tilia tomentosa...
Transkripsiyon faktörü
3 yıl önce

srf)-gibi (SCOP 55455) (Şablon:InterPro) Bazik-sarmal-halka-sarmal (SCOP 47460) (Şablon:InterPro) GCC kutusu (SCOP 54175) Zn2/Cys6 (SCOP 57701) winged...

Transkripsiyon faktörü, Akış aşağı ve akış yukarı (DNA), Apoptoz, Candida albicans, DNA, Digital object identifier, Diyabet, Fosforilasyon, Gen, Histon, Hücre zarı
Türkiye biteyi, Betulaceae
7 yıl önce

Lambert fındığı : Artvin, Giresun, Kocaeli, Trabzon Ostrya Scop. Kayacık Ostrya carpinifolia Scop. Gürgen yapraklı kayacık : Adana, Antalya, Artvin, Erzurum...
Skopolamin
3 yıl önce

Skopolamin (veya scopine tropate veya hyoscine), Solanaceae familyası bitkilerinden elde edilen bir tropan alkaloid. bitkilerdeki ikincil metabolitlerin...

Skopolamin, Asetilkolin, Biyokimya, Nörotransmitter, Reseptör, Taslak, Antikolinerjik, Tropan, Alkaloid, İkincil metabolit, Solanaceae
Türkiye biteyi, Plantaginaceae
7 yıl önce

gentianoides subsp. gentianoides Sm.  : Bursa, Muğla Plantago holosteum Scop. -  : Ankara, Bursa, Eskişehir, Isparta, İzmir, Kastamonu, Kırklareli, Konya...
DNA kıskacı
7 yıl önce

(1996). Structure of the C-terminal region of p21(WAF1/CIP1) complexed with human PCNA. Cell 87:297-306. SCOP DNA kıskaç katlaması CATH kutu mimarisi...
Turpgiller
3 yıl önce

edentula Hook. daki palizat dokusu da her iki yüzde bulunur. Cakile maritima Scop.’daki mezofil tabakası palizat ve sünger parankiması şeklinde farklılaşmamıştır...