Orta Çağ
Estonlar, binlerce yıl önce Uralların ötesinden bulundukları bölgeye göç etmişlerdir. Konuştukları dil Ural Dil Ailesinin Fin-Ugor dilleri grubundandır. Finler ve Macarlarla tarihi yakınlıkları vardır. Estonya kelimesinin bölgenin Baltık denizinin doğusu olması nedeniyle doğuda yaşayanlar manasında Easternden türediği söylenir. 600 yıl önce Baltık denizi kıyısındaki limanları geliştirmişlerdir.Estonlar Avrupada Hristiyanlığı en geç kabul eden uluslardan biridir. 12. yüzyılda bölgeye ticaret amacıyla gelen Cermenler bölgede yaşayan Pagan Baltık ve Fin-Ugor halklarını Hristiyanlığa davet ettiler. İsteksiz halka Hristiyanlığı zorla kabul ettirmek amacıyla Papa tarafından asker gönderildiği bilinmektedir. 13. yüzyılda Töton şövalyeleri Estonya ve Letonya topraklarında Livonya Konfederasyonu adı verilen bir konfederasyon kurdular. Yüzyılın sonlarında Talinn dahil birçok Estonya kentleri Kuzey Alman Ticaret ortaklığı olan Hansa Birliğine katıldılar. Estonlar 16. yüzyıl ortalarına kadar Alman soyluları tarafından yönetildi.
Yeni Çağ
1517 yılında Avrupada başlayan Protestan Reformu Estonyayı da etkiledi. 1524 yılından sonra Estonların çoğu Protestanlığa geçtiler. 1558–1582 yılları arasında Rusya ile Danimarka, Litvanya, Lehistan ve İsveç arasında çıkan Livonya Savaşını Rusya kaybetti. Estonyanın kuzey bölümü İsveç İmparatorluğuna geçti, güney kısmı ise Lehistan-Litvanya Birliği egemenliğine girdi. 1625 yılına gelindiğinde Estonyanın tümü İsveç egemenliği altına girmişti.1700-1721 yılları arasında Rus çarı I. Petro Baltık Denizinde Rusyaya bir liman kazandırma amacıyla İsveçe saldırdı. Büyük Kuzey Savaşı adı verilen bu savaşta Danimarka-Norveç, Prusya ve Hanover de Rusyanın yanında yer aldı. Osmanlı Devleti ise İsveçi destekledi. 1709 yılında İsveç kralı XII. Karl Rusyaya karşı Poltava Savaşında büyük bir yenilgiye uğradı ve Osmanlı Devletine sığındı. İsveç kralını takip etmek amacıyla Rus ordusunun Osmanlı Devletine ait Boğdana girmesi üzerine 1711 yılında Osmanlı ordusu Prut nehri boylarına Rus ordusuyla Prut Savaşını yaptı. Osmanlılar Rusları bu savaşta yenilgiye uğrattılar ama İsveç ordusu tamamen dağılmış ve kumandansız kalmıştı. İsveç 1721 yılında Rusyayla Nystad Antlaşmasını imzalayarak Estonya dahil bir çok Baltık topraklarını Rusyaya bırakmak zorunda kaldı.
Yakın Çağ
Estonya 18. ve 19. yüzyıl boyunca 200 yıl süreyle Rusyanın elinde kaldı. Ekim Devriminde Çarlık Rusyasının devrilmesiyle Estonya 24 Şubat 1918de bağımsızlığını ilan etti. Ancak Haziran 1940 tarihinde Estonya bu sefer Sovyetler Birliği tarafından işgal edildi. 1941-1944 arasındaki Alman işgali dışında 1991e kadar olan dönemde Estonya Sovyet egemenliğinde kaldı. Estonya Sovyet Sosyalist Cumhuriyeti Sovyetler Birliğinin en zengin cumhuriyetlerinden biriydi.Estonya Sovyetler Birliğinden ilk ayrılan ülkedir. 20 Ağustos 1991 tarihinde, Sovyetler Birliğinin çökmesi ile birlikte Şarkı Devrimiyle bağımsızlığını tekrar ilan etmiştir. 20 Ağustos Estonyanın ulusal bayramı olarak kabul edilmektedir. 31 Ağustos 1994te Rus askerlerinin ülkeden çekilmesi ile, Estonya Batı Avrupa ve diğer bölgelerdeki ülkelerle ilişkilerini bağımsız olarak yönetme hakkını aldı. 29 Mart 2004 tarihinde NATOya, 1 Mayıs 2004 tarihinde ise Avrupa Birliğine katıldı.
