Türkçe Bilgi logo TürkçeBilgi

Protein Yapısı

Kısaca: yapısal bölge (yapısal alan da denir) proteinin yapısının bir unsurudur, kendi kendini stabilize eder ve genelde protein zincirinin geri kalanından bağımsız olarak katlanır. Çoğu bölge (İngilizce ''domain''), sadece bir gen veya gen ailesinin gen ürünlerine has değildir ve çeşitli proteinlerde görülür. Bölgeler, ait oldukları proteinin biyolojik fonksiyonu içinde belirgin bir yere sahip oldukları için bununla ilişkili biçimde adlandırılırlar; örneğin, "kalmodulin'in kalsiyum bağlayıcı bölgesi" d ...devamı ☟

Protein yapısı
Protein Yapısı

yapısal bölge (yapısal alan da denir) proteinin yapısının bir unsurudur, kendi kendini stabilize eder ve genelde protein zincirinin geri kalanından bağımsız olarak katlanır. Çoğu bölge (İngilizce domain), sadece bir gen veya gen ailesinin gen ürünlerine has değildir ve çeşitli proteinlerde görülür. Bölgeler, ait oldukları proteinin biyolojik fonksiyonu içinde belirgin bir yere sahip oldukları için bununla ilişkili biçimde adlandırılırlar; örneğin, "kalmodulin'in kalsiyum bağlayıcı bölgesi" denir. Kendi başlarına kararlı oldukları için, genetik mühendislikle bir proteine ait bir bölge bir diğerininki ile "takas" edilip kimera elde edilebilir. * Yapısal ve dizi motifleri, çok sayıda proteinde görülen, protein üç boyutlu yapısındaki veya amino asit dizisindeki kısa parçalardır. * Süperikincil yapı ikincil yapı elemanlarının belli bileşimleridir, örneğin beta-alfa-beta birimleri veya sarmal-dönme-sarmal motifleri gibi. Bazılarından yapısal motif olarak da bahsedilebilir. * Protein katlaması, Proteinlerin Yapısal Sınıflandırması (SCOP) veritabanında belirtilen, sarmal demeti (helix bundle), beta fıçısı (beta barrel), Rossman katlaması gibi, genel mimari yapılardır. Ökaryotik sistemlerde yüzbinlerce farklı protein ifade edilmesine rağmen, bundan çok daha az sayıda farklı bölge, yapısal motif ve katlama vardır. Bu kısmen evrimin bir sonucudur, çünkü genler ve gen parçaları çiftlenebilir veya genom içinde yer değiştirebilir. Bu demektir ki, örneğin, bir protein bölgesi bir proteinden bir diğerine taşınabilir ve ikinci proteine yeni bir fonksiyon kazandırabilir. Bu tür mekanizmalar nedeniyle, yolaklar ve mekanizmalar farklı proteinlerde yeniden kullanılabilir. Protein katlanması Rastgele sarım şeklinde olan bir polipeptit katlanarak kendisine has üç boyutlu yapısını elde eder. Protein yapı tespiti Protein Data Bank adlı veritabanındaki protein yapılarının yaklaşık %90'ı X-ışını kritalografisi ile belirlenmiştir. Bu yöntem, (kristalleşmiş) bir proteindeki elektron dağılımının üç boyutlu (3B) yoğunluğunu ölçmeyi sağlar ve dolayısıyla tüm atomların 3B koordinatlarının belli bir çözünürlük ile çıkarımı mümkün olur. Yapısı bilinen proteinlerin yaklaşık %9'u Nükleer Manyetik Rezonans ile elde edilmiştir. Proteinin ikincil yapı bileşimi dairesel dikroizm veya ikili polarizasyon interferometrisi ile belirlenebilir. Kriyo-elektron mikroskopisi de bazı durumlarda protein yapısının yüksek (5 angstromdan düşük) çözünürlükle belirlenmesi için kullanılan bir yöntem olarak gelişmektedir. Bu yöntem özellikle çok büyük protein komplekslerinin (virüs kılıf proteinleri gibi) yapısının anlaşılması için halen mevcut olan tek yoldur. Yapı sınıflandırması Protein yapıları, benzerliklerine veya ortak evrimsel kökene dayanarak sınıflandırılabilir. SCOP ve CATH veritabanları iki farklı protein yapısal sınıflandırması sunmaktadır. Protein yapısı için berimsel öngörü Bir protein dizisini üretmek, bir proteinin yapısını çözmekten çok daha kolaydır. Ancak, bir proteinin yapısı onun işlevinin çok daha iyi anlaşılmasına olanak verir, sadece onun dizisini bilmeye kıyasla. Dolayısıyla, bir proteinin dizisinden yola çıkararak onun yapısının hesaplamalı (berimsel) öngörüsü için çeşitli yöntemler geliştirilmiştir. Temel ilkelerden (Ab initio) öngörü yöntemleri sadece proteinin dizisini kullanır. İplik geçirme (İng. Threading) ve homoloji modellemesi yöntemleri kullanılarak, evrimsel ilişkili proteinlerin deneysel olarak çözülmüş yapılarına dayanarak bilinmeyen bir proteinin 3B modeli yapılabilir.

Protein yapısı ile ilişkili yazılım

Protein yapısının çeşitli cepheleri hakkında çalışan araştırmacılara yardımcı olan yazılımlar mevcuttur. Bu araştırmalarda gereken en temel işlevsellik, yapı görüntülemesi sağlamaktır. Protein yapısının analizi yapıları hizalayan yazılım ile kolaylaştırılır. Belli bir protein dizisi için yapı bilinmiyorsa, bilinen protein yapılarına dayanarak onun yapısını öngören veya modelleyen yazılımlar kullanılabilir. Ayrıca, model veya öngörü yapıları varsa, onlarda hata kontrolü yapmak için, protein konformasyonel değişimlerini öngörmek, veya substrat bağlanma konumların öngörmek için yazılımlar vardır. Ayrıca bakınız *Uzaklık geometrisi *Protein tasarımı *Protein dinamiği *Protein yapı veritabanı Daha çok okuma için * * (NMR verisinden yapı belirlemesi için Bayesian berimsel yöntemler) == Dış bağlantılar Wikiler * Proteopedia — Protein yapıları ve diğer biyomoleküler hakkında kayıtlar * TOPSAN — Yapısal genomik çerçevesinde protein yapıları hakkında bilgiler.

Sunucular

* SSS Database — protein super-ikincil yapı veritabanı * SPROUTS (Structural Prediction for pRotein fOlding UTility System)

Kaynaklar

Vikipedi

Bu konuda henüz görüş yok.
Görüş/mesaj gerekli.
Markdown kullanılabilir.

Protein birincil yapısı
3 yıl önce

Peptit ve proteinlerin birincil yapısı, bu moleküllerin yapı birimleri olan amino asitlerin doğrusal sırası, veya daha genel olarak, bir proteini oluşturan...
Protein ikincil yapısı
3 yıl önce

bir protein parçası, sarmal (heliks) olarak adlandırılabilir, gerçekten doğru hidrojen bağlarına sahip olup olmadığına bakılmaksızın. Genelde, yapısı çözülmüş...
Protein
3 yıl önce

bağdaki diğer iki dihedral açı protein omurgasının yerel şeklini belirler. Her bir amino asitin kimyasal yapısı nedeniyle, protein zincirinin bir yönü vardır...

Protein, 1838, 1926, 1958, 1962, ATP, Akciğer, Alanin, Albümin, Alem, Amfibi, Biyoloji, Hücre, Canlı
Protein biyosentezi
3 yıl önce

ökaryotlarda ribozom yapısı ve yardımcı proteinler bakımından farklılık göstermesine karşın, temel mekanizma korunmuştur. Protein biyosentezi için aminoasil-tRNA'ların...
Kolesteril ester transfer proteini
3 yıl önce

Kolesteril ester transfer proteini (İngilizce Cholesteryl ester transfer protein veya onun kısaltması CETP; plasma lipid transfer protein olarak da bilinir)...
Hücre zarı
3 yıl önce

tabakalı iki protein yaprağı arasında lipit molekülleri vardır. Lipit moleküllerinin polar uçları (hidrofilik kısımları) dışa doğrudur ve protein tabakalarıyla...

Hücre, Hücrenin yapısı, hücrenin görevleri
Protein saflaştırması
3 yıl önce

süreçtir. İlgi duyulan bir proteinin işlevi, yapısı ve diğer proteinlerle etkileşiminin karakterizasyonu için protein saflaştırması şarttır. Başlangıç malzemesi...
DNA'nın yapısı
3 yıl önce

DNA yapısı, hem tek iplikli hem çift iplikli DNA'da çeşitli biçimler gösterir. Hücreler için DNA'nın yapısıyla ilişkili olan DNA'nın mekanik yapısı hücreler...